集为交合道行军大总管统领全军，当然安西都护府镇守的八万士兵也归属于侯君集调遣，另外李世民又给侯君集调派了五万大军，也就是说侯君集这一次可用之兵多达十三万。这一次跟随侯君集一起出征的还有左屯卫大将军薛万钧，左武卫大将军牛进达等人。
话说侯君集引领兵马抵达焉耆的时候，得知消息的高昌国和西突厥连兵竟然撤退了，而此刻摆在侯君集面前的问题就是，究竟应该直接攻打高昌的都城，还是先攻打附近的重镇，两个作战方案都有可行性，同时也存在着严重的缺陷，倘若是直接攻打高昌都城的话，那就是“射人先射马，擒贼先擒王”的策略，然而此时距离高昌国都城太远，而且一路上尽皆是茫茫一片的沙漠和荒原，即便是抵达高昌国都城之下，倘若鞠文泰坚守城池，而大唐短时间内久攻不下，那么时间久了，高昌国忽然截断粮道或者是后路，那么唐军就陷入被动了。
就近攻取高昌重镇同样存在着风险，要知道每攻下一个重镇，就要派遣兵马镇守，这样势必会减弱兵力，等到抵达高昌国都城的时候，那么兵力肯定会减弱不少，所以这也是一个问题。
归根结底，高昌国这个鸟不拉屎的地方，实在不是行军作战的好地方。