等江南重镇的江防，清军猝不及防，水师不敌，节节败退。
舟山军继续西进，突破孟河、杨舍、三江等江防要塞，兵锋急速西指，攻克圌山（镇江门户），分兵留守后，抵达瓜州、南京，完成对长江下游清军江防的全线突破。
其后舟山军留下部分海船压制南京段清军水师，其余主力船只持续西进，急速往九江而去。
明军船队行处，沿途召集流民，许多两岸心怀故明之人、或是生机无着的流民受到号召，沿途加入明军船队。
一时江南、江西、浙地一时俱乱，长江南北抗清义士潜流暗涌，清廷驻江南文武官兵，无不惶惶。
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注释：
清廷江南江西总督马国柱奏疏（顺治十一年）：海寇联艘深入，自崇明直入京口，狼、福、江阴、靖江等处，防江官兵望风奔溃。
张煌言《上延平王书》：我师纵横江上，凡三阅月，烽火达于九江，两岸遗民，争来迎附，日以千计。