自天启年间到崇祯初年，毛文龙部以辽东沿海金州、朝鲜皮岛一带为根据地，屡次袭击后金的后方，给后金造成了威胁。
如果仅凭这些，朱慈烺对此人其实并没有多大的厌恶。毕竟，当初弄死毛文龙，确实是袁崇焕的一大污点。毛文龙一丝，他的手下们群龙无首，投奔满清也在情理之中。
问题是，当初这个孔有德，孔有德抵达吴桥时造反了，李九成说服孔有德发动吴桥兵变，回军登州，在耿仲明的内应下破城，自号都元帅，孙元化忠于朝廷不愿称王，孔有德放他逃离登州。
崇祯五年正月，孔有德部东进围登州，登州告急。二月，孔有德部率军围攻莱州，孔有德广招原部下，驻守皮岛的明将陈友德等三千人，也加入到叛乱的行列。叛军更是全力攻打莱州城。
在徐从治、谢琏和莱州知府朱万年等的带领下，守卫莱州的军民“备刍粮，设守具，据敌数月”。在叛军的重重包围之中，尽管城中已到弹尽粮绝的地步，仍拒不开城投降。而明总兵邓圮、王洪已率川兵万人自昌邑来援，距莱州仅40里，却接到命令驻足不前，指望招抚成功。孔有德见状，拼命攻城，巡抚徐从治亲上城楼，被叛军炮火击中，重伤而死。他的死更激发了莱州军民守城的决心，“莱人感其义，卒坚守不下”。
谢琏被俘后，朝廷遂急令各路援军向孔有德进攻。孔有德见情势不妙，撤回登州城，十月，明军开始攻城，战斗进行得十分激烈，明副总兵丁思侯、裨将程仲文、祖邦楼在攻城中战死，叛军主要将领李九成也被明军炮火击毙。孔有德见登州难保，率叛军近万人突围，弃城登船而逃。驻守在旅顺、长山、鹿岛的明总兵黄龙率兵伏击，擒获孔有德部将毛有顺、毛承福等人，大败叛军。孔有德、耿仲明等率余部逃到盖州，转投后金。
崇祯六年（四月，他们率叛军及家眷一万人在鸭绿江口与济尔哈朗、阿济格、杜度率领的后金兵会合，被要求剃发，登莱之乱遂告结束。
如果说以上这些，朱慈烺还是能够容忍。毕竟当初的大明王朝实在烂的可以，孔有德投递叛国，朱慈烺也可以既往不咎。
问题是，孔有德叛逃满清之后，完全可以做一个混吃等死的叛徒老死终生罢了。这样在历史上
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