卫土司兵，此番助战有功，暂维持旧制，不予改编。
仍由世袭土司统领，归甘肃总兵节制。”
“孙传庭依旧任三边总督，移驻榆林，直辖一骑兵卫、一步兵卫。
全权经略甘肃、宁夏、河套三地军务，开府建牙，可便宜行事！”
宣布完主要将领的任命，朱由校又抛出了更关键的举措：
“自即日起，各布政使司之行政划分，与军事驻防体系彻底分开。
日后，漠南乃至各省巡抚，无圣旨或兵部调令，不得擅自调度军队。
各镇总兵、总督，亦无权干涉地方民政、财政。文武分途，各司其职。”
最后，他更是祭出了防止将领培植私人势力的常用手段：
“为熟悉各地防务，砥砺将士，原驻防各军卫，需进行东西对调驻防。
譬如，原驻宣大之第五卫、第十卫，调往甘肃；
原驻甘肃之第十八、十九卫，调往辽北……以此类推。
各卫指挥使，亦需进行相应调整，由兵部统一核定派遣。
其余暂无新任之总兵，暂留京城，听候兵部另行差遣。”