然而，战场上的胜利仅仅是开始。
如何处置降众，如何安定地方，如何防止死灰复燃，才是真正的考验。
杨博起深知，单纯的杀戮与威慑，只能换取一时安宁，唯有恩威并施，抚剿结合，从根本上改变辽东的权力结构与生存方式，方能长治久安。
他坐镇辽阳，以钦差总督辽东军务的身份，连下数道命令，迅速展开善后与重建。
首要便是处置首恶与叛逆。
李如柏及其核心党羽，罪证确凿，杨博起亲自监审，核准其勾结外寇、私通叛逆、贪墨军饷、谋害钦差等十数项大罪，上报朝廷的同时，于辽阳城闹市口，将李如柏及其三名主要同谋明正典刑，悬首示众。其家产抄没，亲族流放。
此举彻底清除了辽东军政内部最大的毒瘤，也震慑了所有心怀异志者。
对于被擒的完颜烈山，杨博起并未立即处死。此人虽罪大恶极，但身份特殊，在建州女真中仍有相当影响力。
杨博起将其严密囚禁，好吃好喝供着，却对外封锁其具体伤情。
同时，他派遣能言善辩之士，携完颜烈山随身信物，前往那些仍在犹豫的完颜部死忠部落劝降，言明“首恶已擒，胁从不问，朝廷宽仁，只诛元凶”。
许多部落见大势已去，首领被囚，纷纷请降。
其次，便是大加封赏，分化拉拢，重构秩序。
对于在关键时刻反正立功的阿敏，杨博起兑现承诺。他上表朝廷，详陈阿敏“弃暗投明，阵前倒戈，助擒元凶”之功，力主宽宥其前罪，并请授官职。
朝廷很快下旨：赦阿敏及其部众前罪，授阿敏为建州卫指挥使，统辖归顺的建州右卫诸部，赐予敕书、印信和官服，并允许其在一定范围内自主管理部众，但需听从辽东都司及即将设立的“辽东将军府”调遣。
不仅如此，朝廷还赏赐绸缎、茶叶、铁器、农具等物。阿敏感激涕零，率部众歃血为盟，誓死效忠朝廷。
对于在此战中出兵截击的叶赫那拉部，杨博起亦不吝封赏。奏请朝廷，晋叶赫那拉·苏泰为龙虎将军，实授其管理海西女真部分事务之权，并正式给予其部“五市”中最优厚的互市条件，承诺优先交易粮食、布匹和盐茶等生活必需品，并可限量购买部分非管制铁器药材。
但杨博起也附加了条件：为“便于互通有无、加
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