结果，突围后的方十三，不甘心杭州就这么失守，便在毫无把握的情况下，又带兵回来强行再次攻打杭州。最终，导致起义军再次遭受严重损失。
这时的方十三感到起义军已经不能左右整个战局，只能节节抵御尾追的官军，向南撤退。
童贯遂令南唐军分东、西两路，向起义军的驻地扑来，并约定在睦，歙之间会合，势要一举剿灭方十三起义军。
方腊自杭州西撤之时，正是衢州郑魔王集中十万大军，攻打信州之日。
如果信州被攻克，农民军就可“越信而西”，就可以西摇抚州，南窥建州，北抚宣州和饶州。南唐军虽以重兵进攻，也能与之“磨以岁月”，消耗敌人的有生力量。
信州为江东“望镇”，南进北上都较方便，部队易于展开，是一条理想的出路。
却不曾想：农民军将领洪载秘密降敌，按兵不动，致使信州未能攻克，衢，婺又相继陷落，退路被截断。
使得方腊不得不在帮源洞凭借天险，与东西两路南唐军展开决战。
四月下旬，东西两路南唐军包抄而来，形成了合围的态势。
帮源洞“广四十里”，“四面阻山，其中坦夸，有田可耕。”
二十三日，西路南唐军先进攻门岭。门岭又叫：箭门山，是帮源洞的门户。
方十三用数万农民军把守岭北的进山要道，南面一个隐蔽的山口防守较弱。
童贯一面命令属下猛攻北面要道，一面命农民军降降带兵偷袭南山口。
方十三闻讯，立即赶至南山，率农民军与之展开生死激战。次日，东路南唐军也赶到了。
两路南唐军遂向帮源洞发起总攻，二十佘万农民军同敌人展开了殊死战斗，激战一昼夜，鲜血染红了四十里帮源山地。
这一夜，农民军虽歼灭了大量南唐军，但自己也牺牲了数万人。
为保留有生力量，方十三命令：其他农民军突围，自己则留下继续与敌人周旋。
四月二十六，方十三等三十九人不幸在帮源“东北偶石涧中”被当地混混方庚引来的韩世忠部所俘。
八月二十四，方十三在临安府英勇就义，被凌迟处死。虽然农民军领袖方十三被俘，但剩下的农民军仍继续转战浙东各地，与官军一直战斗到次年三月。
方十三虽说最终失败了，但他死得其所、死得光荣，因为他没有改变自
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