想自己成为了一名道馆馆主，与小霞进行了水下友谊赛，但胜负未决。
小智终于找到了小美和花子，但是此时小美心灵已经被扭曲的幻象迷惑，认定谁都不能抢走她的幸福，厚重的心防使得小美拒绝同小智离开结晶塔。炎帝阻止小智同花子离开，并向小智发动了攻击。
小智和皮卡丘被炎帝打下悬崖，但在喷火龙山谷得到消息的喷火龙及时赶到，将小智和皮卡丘救起。小智随后骑上喷火龙与炎帝展开激烈的殊死战，但最终仍被炎帝从空中击落。
就在小智即将坠入深渊之时，被小霞和小刚拉住，而火箭队也施以援手，将小智救起。愤怒的炎帝想要给予喷火龙致命一击，但清醒过来的小美命令前者住手并恳求其停止战斗。小智和他的朋友们说服小美同他们一道离开，炎帝随即坦承，它是由未知图腾制造出来扮演小美父亲的。
在众人的劝说下，小美决定与大家一起走出大宅，但此时未知图腾们突然失去控制，并试图将一行人封锁在宅邸里。
众人逃到未知图腾所在的大厅，皮卡丘和喷火龙试图攻破保护着未知图腾们的力场，但最终失败。这时炎帝赶到，在小美的信念支持下，大家齐心协力击破了结界，而炎帝也回到小美的梦中了。未知图腾们随即回到了异次元并收回了对于现实世界的所有影响，把秀力博士送回了最初他失踪的遗迹。
一行人终于来到了外面，见到了大木博士和小凌等人。在片尾中，小智一行人与小凌告别；小美得到了一只熊宝宝并与父亲重逢——其后，又与母亲重逢。