准其进行贸易，但不许上岸居住。葡萄牙人在中国商人的协助下，推销货物并收购回程船货，在当地逗留了半年才离去。乔治·欧维士的船队通过此次贸易获取了巨大利益。
1517年，葡萄牙殖民当局再派啡瑙再次率舰队前往屯门，并以朝贡的名义派遣使节托梅·皮雷斯与明廷谈判，要求通商。一年后，啡瑙的兄弟西芒接替了他的职位，开始在屯门构筑炮台、城壕，聚集军舰掠夺往来商船，甚至掳掠人口贩卖到海外为奴。
葡萄牙人在广州沿海的海盗行为，以及满刺加使节向明廷控诉葡萄牙人强占满刺加王国的罪行，引起明朝的反制。1521年，海道副使汪鋐指挥明朝海军进攻屯门，最终在围困近一年后利用暴风雨天气将葡萄牙人击退。
1523年，明海军又在新会西草湾发动突袭，击败了由麦罗·哥丁霍率领的前来援助屯门的武装船队。葡萄牙人被逐出广东后，转向浙江和福建沿海寻求贸易机会，并以浙江宁波附近的双屿港为基地。
他们与沿海的中国走私海商及倭寇勾结，从事走私贸易，在浙江和福建沿海亦商亦盗，挑战明帝国的海上权威。1548年，浙江巡抚朱纨派兵剿灭双屿港各海盗势力。据称，此役有800名左右的葡萄牙人丧生。
此后，葡萄牙人重返广东沿海活动，他们吸取了在浙江和福建的教训，换了一副“恭顺”的态度，继续贸易。1553年，葡萄牙船长索萨到广东向海道副使汪柏行贿，于1554年后以晾晒货物为名，获准进入澳门居停贸易，并逐渐在澳门泊船筑屋，建立定居点。
从此，澳门逐渐成为广东与海外贸易的中转港口，中外海船群集。广东当局派遣“守澳官”及军队驻扎澳门，管理港口船舶出入，收取商税，可以说澳门成了大明帝国的一个“特区”。
1580年，葡萄牙人在日本长崎建立商馆。他们依托果阿、马六甲、澳门、长崎的据点和商馆，垄断香料产地，最终控制了印度洋与中国南海之间的主要航道和贸易，并向出入这两个海域的亚洲商船征收过路费。
他们在澳门收购以丝绸为主的中国商品，转贩到盛产白银的日本，然后用日本的白银再到澳门购买畅销欧洲市场的中国丝绸，和到马六甲购买
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