政局一片混乱，诸王大多各自逃生，元修逃亡民间，隐为乡农。532年晋州刺史高欢击败尔朱氏，欲立元悦为帝，因无法服众，只得退而选择元修。元修道：“这该不是把我出卖了吧?”高欢遂亲自前来表达诚意，泣下沾襟。元修方才入京，四月廿五日(6月13日)即位。《资治通鉴卷一五五》：“欢欲立之，使斛斯椿求之。椿见修所亲员外散骑侍郎太原王思政，问王所在，思政曰："须知问意。"椿曰："欲立为天子。"思政乃言之。椿从思政见修，修色变，谓思政曰："得无卖我邪?"曰："不也。"曰："敢保之乎?"曰："变态百端，何可保也?"椿驰报欢。欢遣四百骑迎修入毡帐，陈诚，泣下沾襟。”
元修即位后与高欢的长女结婚，夫妻彼此都没有感情。元修与三个堂姊妹姘居，将她们都封为公主，《资治通鉴卷一五六》：“魏孝武帝闺门无礼，从妹不嫁者三人，皆封公主。”
534年元修与高欢决裂，高欢带兵从晋阳南下时，元修于七月廿八日(8月22日)率一部分兵众，偕同情妇元明月及元明月的哥哥元宝炬等入关中投奔其妹妹的未婚夫宇文泰。
同年十月十七日(11月8日)，高欢以元修弃国逃跑为由，遥废其帝号，另立元善见为帝，十日后迁都邺。《资治通鉴卷一五六》：“冬，十月，丞相欢至洛阳，又遣僧道荣奉表于孝武帝曰：‘陛下若远赐一制，许还京洛，臣当帅勒文武，式清宫禁。若返正无日，则七庙不可无主，万国须有所归，臣宁负陛下，不负社稷。’帝亦不答。”高欢“遂立清河王世子善见为帝”。
闰十二月十五日(535年2月3日)，宇文泰以元修淫及堂姊妹有伤风化为由，把元明月和元修都给杀死，《资治通鉴卷一五六》：“平原公主明月，南阳王宝炬之同产也，从帝入关，丞相泰使元氏诸王取明月杀之。帝不悦，或时弯弓，或时椎案，由是复与泰有隙。癸巳，帝饮酒，遇鸩而殂。”
宇文泰改立元宝炬为帝，《资治通鉴卷一五六》：“泰乃奉太宰南阳王宝炬而立之。”北魏从此正式分裂成东魏、西魏。
元修死后被宇文泰下令埋进草堂佛寺，十余年后才得正式落葬。西魏上谥号为孝
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