存者顿时群龙无首，军人面临随时降临的死亡威胁，这种情况下，只有两种可能性的选择，一种是拼死相搏，战至流光最后一滴血;一种是放弃抵抗，任人宰割。
很不幸，高级将领的逃亡造成指挥系统完全瘫痪，将他们中的至少一半人置入到后一种境地，而选择抵抗的一批官兵则在相互砍杀中结束了自己的生命。
数万残部没有一粒粮食，又经过一夜飓风颠簸，失去了作战的气力，一番抵抗之后，“尽死，余二三万为其虏去”。
这批战俘在一周之后被带到博多，其中的蒙古籍、高丽籍及中国北方各族出身的官兵即“汉人”悉数被斩首。
关于滞留下来的江南军的命运，各国史料可以说众说纷纭。
公元1281年，是为中国元朝至元十八年，日本弘安四年。所以该次战争又被日本称为“弘安之役”。
丧师辱国的范文虎回去后无法交代，于是撒谎告诉忽必烈：“赴日之后，本欲进攻太宰府，不料暴风突袭，集结残部组织战斗之际，万户厉德彪、招讨王国佐、水手总管陆文政等不听节制，仓皇逃逸，臣不得已收拾残军回到高丽，尔后就地遣散。”
元世祖对海洋也是陌生的，但他清楚海洋的脾气与草原和陆地肯定是不同的，在没有证据的情况下，只有相信范文虎的谎言。
一年之后，即公元1282年，在日本沦为奴隶的一名江南军士兵历经劫难逃脱回国，向元世祖忽必烈说出了风暴之后的实情：“诸将各择坚好船乘之，弃军士十余万人于山下”。不久，又有两名士兵也逃回国内，所述与前者相差无几。
元世祖忽必烈震怒，下令将范文虎等征东诸将治罪，独赦张禧。
只可惜天助日本，最有可能直接把日本纳入我国封建王朝统治领域的一次好机会就这样丧失了。