，前任总统奎松出逃美国。临行前，奎松特意叫来劳雷尔，嘱咐他留下来，与日本人合作，从而减轻日军占领菲律宾为百姓带来的灾难。劳雷尔与美国总督的不和，以及他曾经被东京大学授予荣誉法学学位的经历，使得日本人对他很是信任，并力邀他出任日方扶植政权的总统。
尽管被西班牙殖民者统治了300多年，又被美国占为殖民地将近50年，但菲律宾人的民族意识并不弱。日军占领后，各地反抗日本统治的武装斗争一直就没有停止过。劳雷尔出面与日本人合作的举动，自然引来一些国民的不理解。1943年6月，劳雷尔在一次打高尔夫的时候，遭到枪手伏击，身中三枪，险些伤及心脏和肝脏。然而，当日军宪兵将反抗组织的刺客抓到劳雷尔病床前让他指证时，他却故意装作没有认出一名曾经全国闻名的拳击手，并让日本人把嫌犯释放了。这名拳击手后来成为劳雷尔的贴身保镖，直到他去世。
劳雷尔还搭救过数位暗通反抗组织的菲律宾政治家，其中一位是曼努埃尔·罗哈斯（ManuelARoxas），后来成为战后菲律宾第三共和国的首位总统。在日军的胁迫下，1944年9月，劳雷尔才宣布菲律宾向英美宣战，在此之前，他找过各种借口，拖延宣战时间。不过，他仍然利用职权，极力阻挠了日军在菲律宾百姓中征兵。二战期间，因为劳雷尔的斡旋，没有一名菲律宾士兵与日军并肩作战，这是菲律宾人民日后相当引以为豪的事。
二战结束后，身在日本奈良的劳雷尔被麦克阿瑟下令逮捕，并被指控了包括卖国罪等132项罪名。但是，在他被引渡回菲律宾之后，受命审判劳雷尔案件的大法官却辞了职，转而成为他的辩护律师。紧接着，当年被劳雷尔搭救过的罗哈斯当选为总统后，立刻颁布了大赦令，劳雷尔遂被释放。
实际上，劳雷尔为首的菲律宾第二共和国并不应该被打上引号，战后的菲律宾政府于60年代承认了第二共和国的合法性，同时承认劳雷尔为菲律宾历史上的合法总统。菲律宾人民并没有视劳雷尔为叛国者，反而感激他在战争年代为保全菲律宾人民的生命财产所作出的努力。1951年，劳雷尔再次当选为参
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