“贞洞派”亲西方内阁，并利用俄国向日本施加压力，迫使其撤走在朝鲜的军队。从这时起，日本便开始策划杀害闵妃的行动。而闵妃亦有所察觉，下令解散日本训练的训练队，改以自己的亲信洪启薰为队长的侍卫队以拱卫宫廷。这件事成为了日本杀害闵妃的导火线。
日本人做好了杀害闵妃的准备，他们先收买了以亲日分子禹范善为队长的训练队，让他们作为前锋入宫，又挟持了大院君，以造成大院君发动政变的假象。高宗三十二年（1895年，农历乙未年）八月二十日（10月8日）凌晨，在日本驻朝公使三浦梧楼的策划下，日本陆军中佐楠濑幸彦、公使馆武官冈本柳之助等率领数百名日本浪人、500名日军守备队和1000名日本训练的朝鲜训练队冲进景福宫，遭遇朝鲜侍卫队的顽强反抗。但侍卫队只有200人，且没有配发到新式武器，故很快被日军击败，洪启薰战死。攻占景福宫的日本人一路闯入长安堂，挟持高宗，逼迫其在亲日派拟好的《王妃废位诏敕》上签字，废闵妃为庶人；一路则攻进闵妃的住所乾清宫，四处搜寻闵妃。日本专门派浪人行动，目的就是避免政府参与。日本浪人在搜寻闵妃的过程中杀死了不少宫女和宦官，甚至杀死了前来劝阻的宫内府大臣李耕植。
最终，一名叫中村楯雄的日本浪人在玉壶楼的集玉轩发现了躲藏的闵妃。他凶狠地扯着闵妃的头发，将她拖出来，顺手就是一刀，闵妃试图反抗，她嘴里喊着世子，另一名浪人又一刀砍下去。暴徒们将奄奄一息的闵妃放在木板上，让宫女来确认。
证实闵妃的身份后他们就轮奸闵妃，并最终将她乱刀砍死。历史上将这次事件称为“乙未事变”。
根据日本作家角田房子所著《明成皇后——最后的黎明》记载：明成皇后被杀事件是史上少有的残忍、野蛮事件，暴徒们高喊着“闵妃在哪里”冲进宫中，在一群被吓呆的宫中女官中，他们选出两名美貌者残忍杀害，其中一人在太阳穴处留有出过天花的痕迹，他们认出就是闵妃。杀人者中的一人后来承认那是非常残暴的行为，杀害明成皇后之后又对她的尸体施以了用言语无法形容的暴行。
日本人销毁罪证：焚烧尸体
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