十余万援军长达四十六天的反复攻杀，并且为了独占打下南京这“天下第一功”，他连续拒绝曾国藩和朝廷派来的援军，仍以长围久困、掘地道入城的铁桶战法，历时二年半之久于1864年攻克南京。
南京城破，“天下第一功”固然是到手了。然而，老九却并没有享受到他应得的回报，不仅朝廷食言，没有兑现咸丰帝生前许下的“攻下南京者王”的诺言，只给了老九一个威毅伯，更为沮丧的是，老九把太平天国的金库都搬回湖南老家了的传言瞬间满天飞。
清廷在嘉奖老九的同时，也在查究太平天国财产的去向，还专门派人来南京。
因为，就在攻下南京的消息传开之时，一股小道消息也随之而传开了。这消息便是天京（即南京）城内“金银如海，百货充盈”，南京城里有一座太平军的金库。
曾国藩、曾国荃兄弟亦曾对此深信不疑，因此在破城之前，也考虑到了如何处理“贼赃”的问题。曾国藩指示老九，“城破之日，查封贼库，所得财物，多则进奉户部，少则留充军饷，酌济难民”。
但是万万没想到，“克复老巢而全无财货，实出微臣意计之外，亦为从来罕闻之事”。正如曾氏兄弟不敢相信眼前的现实一样，朝廷对曾国藩所说的并无传说中所谓的金库一说也不相信。
但是，对南京城里的金银财货的下落，朝廷自始也没有查出一个所以然来。此事最后是不了了之。官方虽然不追究了，民间对于这个问题倒没有停止关注，曾氏兄弟陷入了扯不清的是非漩涡。
民国８年（1919）７月由上海大东书局石印出版的《南亭笔记》中提出：
曾忠襄为文正公介弟，攻金陵既破，搜遗敌，入天王府。见殿上悬圆灯四，大于五石瓠。黑柱内撑如儿臂，而以红纱饰其外。某提督在旁诧曰：“此元时宝物也！”盖以风磨铜鼓铸而成，后遂为忠襄所得……闻忠襄于此中，获资数千万。盖无论何处，皆窖藏所在也。除报效若干外，其馀悉辇于家。
忠襄既破南京，于天王府获东珠一挂，大如指顶，圆若弹丸，数之得百余颗，诚稀世之宝也。忠襄配以背云之类，改作朝珠，每出熠耀有光，夺人之目。忠襄病笃，忽发哮喘之症，医者谓宜用珠粉
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