何区别?没有任何区别，只要是与正统相违背的就是异端，就一定是邪教。这是从统治者的角度来看的，在曾国藩写的《讨粤匪檄》中就直接将拜上帝教称之为邪教。
太平天国灭亡之后，清政府编纂了《钦定剿平粤匪方略》、《湘军志》等书籍对太平天国进行了彻底的黑化，极尽诋毁之能事，将曾国藩抬为“中兴名臣”，“千古一完人”。实际上，曾国藩在剿灭太平天国过程中，其屠戮之凶残比太平军有过之而无不及。在《贼情汇纂》、《太平天国革命亲历记》等书中，对拜上帝教和太平天国的描述却又是另外一种样子。从清政府的角度而言，太平天国无疑是历史的倒退，拜上帝教无疑是邪教。但站在今天的角度，切不可被这种妖魔化的描述所误导，若是太平天国胜利，评价怕又是另外一个样子。
斗争策略没有正邪之分
一把刀可以杀人，也可以杀掉害人的猛虎，刀是正是邪?杀一人可救百万人，杀人是罪，救人是功，论功论罪?事物往往都有其两面性，在太平天国起义初期，曾有过团营起兵、裹挟民众的举动，甚至有散步恐怖言论让教众安心起义的举动。在太平天国定都天京后，太平天国分男营女营，实行供给制度，杜绝男女厮混同居，被后世指责为泯灭人性，违背人伦。
人们在看待一个问题时，喜欢从表象上定结论，从结果推过程，而不是从过程来看结果。历史上的农民起义，有哪一场起义没有团营起兵、没有裹挟民众的行为?在革命初期，出于壮大力量的需要，各种手段都必须考虑在内。斗争是你死我活的，在很多时候斗争策略与斗争方式走极端是一种常见现象，黄巢起义以人为军粮，吃掉人口数百万。蒙古大军攻打南宋，掳掠人为食物，号称“两脚羊”。这些都是斗争策略与斗争方式，在生死存亡的关头，方式方法过激甚至过于残忍都是普遍现象。
与黄巢和蒙古军比起来，太平天国进行团营起兵和裹挟民众简直不值得一提。在金田起义时期，太平天国面临10倍于己的清军包围，正是团营、裹挟和男女分营才让数千太平军战胜数万清军，并一路打到南京，定都南京。在南京，太平天国实行男女分馆，保持了军队战斗力和后
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