欧洲至上论的傲慢与偏见，导致了人们的极大反感和不信任。
杨光先见到《天学传概》一书后，把它当作击败汤若望的一把利剑，于1664(康熙三年)三月二十五日，先写信给该书的作序者许之渐，指斥天主教是邪教，《天学传概》是妖书，敦促许之渐举揭汤若望，反对天主教。于七月二十六日，又写《请诛邪教状》一文，再赴礼部呈递，正式控告汤若望有三大罪状：一是潜谋造反，二是邪说惑众，三是历法荒谬。又将《天学传概》一本、《邪教图说》三本、《正国体呈》稿一本、《与许之渐书》稿一本，以及金牌，绣袋，会期等物，一并递呈礼部，要求依律将汤若望正法。
清廷从三年八月初六日至四年七月，用将近一年的时间审理此案，最后作出了禁止耶稣会士在中国传播天主教的决定。并拘审捕外省传教士30余人解京。判汤若望绞刑。由于当时北京接连五天发生地震，加之“太皇太后(顺治母后)力主开释”，汤若望才免于一死。清廷又恐传教士们仍然传教，收徒，建堂，也严加饬交继任各官防范。这就是康熙初年发生的有名的“教案”。
1666年(康熙五年)8月15日，汤若望逝于南堂，享年75岁。1669(康熙八年)9月，汤若望得到彻底昭雪，恢复“通玄教师”之名，1669年12月8日，康熙帝赐地重葬汤若望于利玛窦墓旁，御赐祭文一篇，镌刻在汤若望墓碑的反面，从“鞠躬尽瘁，恤死报勤，国之盛典”等用词足以见中国一代明君对这位来自万里之遥、莱茵河畔的德国传教士高度的评价和认同。
这场以“历法之争”为名、实则为两种不同文化较量的历案，以当时汤若望们的失败与牺牲而结束，但杨光先们所表现出的盲目排外，也使中国在后来付出了沉重的代价。
汤若望怎么死的？
汤若望是病死的。
顺治元年(1644)，清军进入北京，明亡。汤若望以其天文历法方面的学识和技能受到清廷的保护，受命继续修正历法。他用西法修订的历书被清廷定名《时宪历》，颁行天下。同年十一月，命掌钦天监事。
次年，他以《崇祯历书》为基础纂成《西洋新法历书》一百零三卷，进呈摄政王
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