1644年的中国，正是明清交替。历史舞台上有三位主角：明朝皇帝朱由检、农民起义军闯王李自成、清朝的摄政王多尔衮，另外一名重要配角，明朝的辽东总兵吴三桂。
其实，还有一位重要配角一直为人们忽略，他就是：小老鼠。
1644年，农历3月15日，闯王李自成率大顺军抵达北京城北郊的居庸关。这里是北京城的最后一道天险，然而关隘却无人防守，明朝总兵唐通出降。接下来发生的事，人人皆知：李自成的队伍势如破竹，在3月18日攻破北京城，朱由检吊死在景山一棵老槐树上。
然而，1644年3月李自成所面对的北京，实际已是一座疫病蹂躏的鬼城。这场大疫，是从崇祯六年到崇祯十七年间流行，发源地大致在山西的兴县，然后到大同，再到潞安。接着，鼠疫传到陕西的榆林等地。崇祯十四年时，大疫传到河北大名府、顺天府等地，那里的地方志上，都有“瘟疫，人死大半。互相杀食”的记载。崇祯十六年，也就是北京城破的前一年，北京也发生大疫。
为何判定北京的这场大疫是鼠疫?明人当时的笔记称这场大疫为“疙瘩瘟”、“疙疽病”，这实际是对腺鼠疫患者淋巴结肿大的称呼，而当时的传染性之烈，“死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者。”只有鼠疫才能有如此烈性威力。
到崇祯十六年四月时，北京每天死人上万，以至于城门都被运出的棺材堵塞。沿街的小户居民，十之五六死去，死在门口的最多，街头连玩耍的孩子都没有了。有一个统计数字，这场大疫夺走20万北京人的性命，而北京城当时的人口，估计在80万到100万，也就是说，每四到五个北京人中，就死掉一人。“堪称是一场超级大瘟疫”。当时的北京城里盛传种种白衣人勾魂的流言，一到晚上，民间整夜敲击铜铁器驱鬼，“声达九重”，官方也没法制止——这是怎样的一座鬼气森森的城市!
这时候，政府还能做点什么?当时的皇帝似乎已经顾不上这事。虽然在崇祯十六年二月疫情就爆发了，直到了七月，驸马巩永革上疏说，请皇帝“轸念孓遗，亟赐拯救”，这时朱由检才下了一道谕旨，拨银两万两，令五城巡城御
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