简单审讯后，日方便来要人。晚上9时许，安重根被移交到秦家岗义州街27号(今哈尔滨南岗区花园街97号)的日本驻哈尔滨总领事馆，关在地下室里。俄当局下令逮捕哈尔滨周围所有可疑的朝鲜人。安重根刺杀伊藤的2个小时后，禹德淳、曹道先在蔡家沟车站被捕。
11月1日，安重根等9名涉案者被押送至旅顺监狱，3日到达旅顺。
日本外务省于12月2日下达了将“安重根处以极刑”的密令，并把旅顺高等法院院长平石召回东京，命令他保证执行。
安重根在最后的遗言中曾说：“我死之后，希望把我的遗骨埋在哈尔滨公园旁，等我们恢复主权后返葬到故国。当大韩独立的消息传到天国时，我一定会欢呼，高唱万岁。”
在1910年2月7日到14日期间，共进行了六次庭审。法院当局背弃允约，拒绝俄国律师米哈伊洛夫、英国律师道格拉斯及“大韩帝国”律师安秉瓒等出庭辩护，只允许日本官方选定的日本律师“辩护”。
安重根在法庭上阐述了义举的正当理由和目的，揭露了伊藤博文侵略朝鲜半岛，破坏东亚和平的15条罪状。安重根在公判庭上陈述：“我杀伊藤博文是韩国独立战争的一部分，而我站在日本法庭，是因为战争中失败当俘虏所致，我不是以个人资格干此事的，而是以韩国义兵参谋中将的身份，为祖国的独立和东洋的和平而做的。所以，我应当根据万国公法来处理。”
1910年3月26日上午10时，在旅顺监狱处刑室，安重根被处以绞刑。安重根就义后，安重根的两个弟弟要求日本政府引渡安重根的遗体，按照安重根的遗愿安葬在哈尔滨公园(今兆麟公园)旁。
日本拒绝这一要求，将安重根的遗体秘密埋在旅顺某地。近几年，中、韩、朝人士为寻找安重根的遗骸作了很大努力，但至今没有找到。
5.忠烈千秋
安重根在哈尔滨的义举，不但震惊了远东，也震惊了世界。当天这条简短的电报“伊藤博文今日在哈尔滨被一朝鲜人弹毙，刺客已被获”一发出，全球报刊争相报道这一特大新闻。
安重根殉国后，中国各界名人纷纷题词。孙中山的题词是：“功盖三韩名万国，生无百岁死千秋
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