倧一听说清军又来了，根本没有迎战的勇气，急忙向险峻的南汉山城转移躲避。12月5日，朝鲜国王带领数百名侍卫大臣和家眷开始出逃，大雪之后，山坂冰冻，大家只能下马步行，一路颠簸匆忙逃命。
进入南汉山城后，朝鲜国王李倧立刻任命总戎大将李曙守北门，李时白守西门，大将具宏守南门，申景禛守东城望月台，李显达为中军，全城朝鲜守军12000人，而此时清军前锋300人已追至城下。朝鲜国王发出号令斩杀清军一人，赏赐白银20两。一切布置完毕后，朝鲜国王与大臣们为了如此祸事相互指责，最后，大家都无退兵办法，满庭臣僚，只能是无不痛哭。
12月8日，朝鲜军北门大将元斗杓率领敢死队出战，取得胜利，斩首清军6人，稳定了朝鲜军心。
清军入朝，军纪极坏。大军所到之处，一切都被抢掠一空，左右房屋及家具都被焚烧。朝鲜百姓死者在山野道路到处皆是。
后续的5000名清军轻骑兵一路攻击前进，击败黄州朝鲜军，随后大败朝鲜援军1.5万人。于正月初七日抵达南汉山城外围困住朝鲜国王。
八旗军击灭朝鲜水师屠杀海滩难民
另一方面，朝鲜宫嫔们则逃难到甲串津滩头，但无船可渡，连续两昼夜停留岸边，上下皆又冷又饿，浑身乏力。而其他逃难士民不知有多少，滩头到处都是苦等船只的人群。哀求哭泣只求一船。不多时，大队马群奔跑踏地之声传来，恐怖感降临在滩头人群心头。清军骑兵终于赶到滩头，一转眼，滩头顿成人间地狱，铁蹄残踏，刀砍，矛刺。逃难人群或被八旗军抢掠为奴，或被杀死，或投海自尽。
朝鲜三道水师没有一人赴难，皆不敢与清军交战。只有忠清水使姜晋昕星夜驰援。率领百余艘战船与清军水师80余船交战，清军施放大炮，姜晋昕座船被大炮命中数十处，他本人已被数支利箭射中。最后朝鲜水师兵败，全军皆散。
清军对朝鲜国王藏匿处南汉山城围而不攻，立长栅困之，把主要精力放在击败朝鲜援军上。
朝鲜主力4万大军全灭，两大兵使阵亡
虽然朝鲜八道援军紧急增援，但于战事却作用不大。朝鲜南兵使徐佑申来援，大军在铁岭击败一支清军
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