升至侍中、驸马都尉、光禄大夫。
金日磾虽然得到皇帝的宠信，但从不恃宠犯事。这让刘彻对他更加宠信和喜爱了，出则让他同乘一辆车，入则让他随侍左右，赏赐的黄金累计超过千金(汉一斤等于今一斤六两)。皇亲国戚都在私下抱怨说：“陛下对随意俘获的一个胡人，竟然如此看重。”刘彻听到这样的议论后，反而更加厚待金日磾了。因休屠王曾做金人祭天，故赐日磾姓金。由此可见，刘彻用人是不分种族、不分贵贱的，是唯才是用的。
金日磾的母亲教导两个儿子甚有法度，汉武帝听说后，就给予嘉奖。后来金日磾的母亲生病去世，汉武帝就下诏将她的画像悬挂于甘泉宫，署名“休屠王阏氏”。金日磾每次见画必拜，每拜必泣。
金日磾的两个儿子长得很可爱，汉武帝就让其长子跟随在自己身边侍奉，并且很宠这个孩子。有一次，金日磾看见儿子在皇帝身后抱着皇帝的脖子玩耍，这还了得!就生气地用眼睛瞪儿子。孩子吓得边走边哭“老爹发怒啦!”武帝对金日磾说：“为何对我的干儿子发怒?”后来，儿子大了，也长得高大威猛，就是有点不太检点。一次在殿下和宫女调情，正好被金日磾看见了，他恨儿子在宫中淫乱，就把儿子给杀了。汉武帝闻之大怒，金日磾叩头谢罪，并陈述了杀儿子的理由。刘彻十分哀伤，并为金日磾流下了眼泪。但从此，刘彻打心眼里更敬重金日磾了。
当初，侍中仆射马何罗与江充的关系非常密切。汉武帝征和二年(公元前91年)，卫太子(即卫皇后的长子原太子刘据)在遭受江充诬陷后，怒而起兵。在江充打败卫太子的过程中，马何罗的弟弟马通因力战卫太子有功，被封为重合侯。第二年，汉武帝了解到是江充设计陷害了太子后，便诛灭了江充的宗族及党羽。马何罗兄弟担心受到株连，遂阴谋造反。侍中驸马都尉金日磾从马氏兄弟的异样神色中看出了问题，心里便对他们起了疑心。由是，私下独自观察他们的动静，并与他们一起上殿下殿。马何罗也发觉了金日磾的意图，因此，很久都不敢发难。汉后元元年(公元前88年)六月，汉武帝行幸林光宫(秦二世所建，位于汉甘泉宫旁)，金日磾因有小病
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