睦州、衢州先后失守，方腊从富阳、新城、桐庐一路退到青溪县，最后退守帮源洞。此时起叛军尚有二十万人，但战斗力大大下降，“与官兵力战而败。”
宣和三年(公元1121年)四月二十四日，宋军包围帮源洞。方腊在石洞中躲藏起来，由于石洞极为隐蔽，官军不知如何进入。在宋军中任裨将的韩世忠侦查到路径，便率骁勇进入方腊所藏洞中，格杀数十人。
宣和三年(公元1121年)四月二十七日，方腊和妻子、宰相方肥等人被忠州防御使辛兴宗所俘虏，藏匿在洞中的七万起义军被杀，方七佛等人逃走。方腊等人被押往汴京，宣和三年(公元1121年)八月二十四日，方腊被杀。轰轰烈烈的方腊起义，至此才落下帷幕。
主要成就
军队编制
分设了四个军区：
睦州：直接归大内领导，右丞相祖士远率领元帅谭高、将领伍应星等镇守这里，属下的指挥使白钦和景德守住乌龙岭，四个水军总管守卫江岸一代。
歙州：方腊叔父方垕为最高领导，与尚书王寅、侍郎高玉镇守该城，前面的昱岭关则由元帅庞万春带领雷炯、计稷二人守卫。昱岭关是杭徽交通要道，地理位置重要，历来为兵家必争之地。
苏州：方腊的弟弟方貌做主将，带领元帅政、总管卫忠、八名猛将以及虞侯叶贵在此，下辖润州、常州两地。润州的主帅是枢密使吕师囊，手下有十二名统制官，号称江南十二神。常州是钱振鹏为守将，下面有金节、许定二人为辅。
杭州：方腊的儿子方天定被委任在此地镇守，手下猛将：石宝、邓元觉、厉天闰、司行方等。
开库分粮
七月，大旱，晒得地裂叶枯，遍地焦黄，稻谷颗粒不收。百姓用树皮草根还填不饱肚子，官府却连连上门讨税，把百姓从山地里收起来的几颗杂粮，也搜括得干净。百姓的肚皮饿得精瘪，可粮食却一车一车把县里的粮库装满满。方腊出了张假告示，拿了这张告示，领着全村的穷人，到县城里去。凭着假的告示和官印，方腊和百姓终于得到了救命的粮食。
为政措施
各类方腊及含有方腊的画像方腊性情豪爽，深得人心，有较强的组织才能，自身又出身贫苦，所以能号召很多生活困苦
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