蝠军团还重金邀来华金，和维森特凑齐西班牙国字号飞翼，大卫·席尔瓦也在本赛季崭露头角，给了弗洛雷斯很大的发挥空间。
在强大的阵容下，蝙蝠军团一举打进欧冠八强，惜败切尔西而出局。不过联赛依然表现良好，获得了第四名确保继续参加欧冠。
然而弗洛雷斯在第三个赛季却遭遇了麻烦，持续不断的伤病问题让他饱受困扰，维森特的伤病让他难以贯彻理想中的两翼齐飞踢法，而瓦伦西亚高层则急于改变来挑战皇马巴萨的垄断格局。
导致他们在2007年10月草率地把弗洛雷斯解雇，事实证明高层这个决定被打脸了。
2008年5月，弗洛雷斯接手了本菲卡，在那里他取得了不错的成绩，一个赛季拿下了联赛第三以及队史首个联赛杯冠军，但他只在本菲卡暂作停留，赛季末他便和本菲卡友好分手。
2009年10月，弗洛雷斯来到了更大的平台——马德里竞技。
马竞给他提供了1年合同。
这个赛季马竞遭遇2000年以来的最差开局，前任主帅在欧冠0-4大败切尔西后下课，在马竞，弗洛雷斯成功激活了赛季起步状态不佳的弗兰，他和雷耶斯、阿圭罗联袂组成了强大的攻击力。
尽管马竞最终在联赛只拿到第九，却打进了国王杯和欧洲联赛决赛。
在欧联他们2-1击败富勒姆夺冠，国王杯则不敌塞维利亚。
弗洛雷斯的这个欧联杯冠军也是马竞自1961/62赛季的超级杯冠军以来的首个欧洲锦标，随后更在欧洲超级杯击败欧冠冠军国际米兰。
2010/11赛季，马竞表现不佳，弗洛雷斯在赛季末离开马竞。
弗洛雷斯此后远走欧洲，尽管曾和莫斯科斯巴达有传闻，他最终选择了卡塔尔豪门阿赫利，任内他为球队夺得一次联赛杯冠军，一次总统杯冠军，但没有获得联赛冠军。
随后几经周转，弗洛雷斯结束了不太成功的中东之旅，回到家乡西班牙。
2015年1月弗洛雷斯执教的第一支球队赫塔菲发来邀请，他们刚刚放走了主帅孔特拉，执教华超的广州富力。
但重临旧地的弗洛雷斯仅在执教7周踢了1场比赛后便愤然离开，因为他不满球队把中场大将萨米尔甩卖给江苏舜天。
这个时间的华超，满世界挥舞着钞
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