马穆鲁克们也管不住。等城里开始出现人员大量死亡，大家才慌了起来，开始试图认真进行隔离。
但是，完全阻断各个区域的联系，也是做不到的。其他不说，港口自己不产粮食，这些吃的东西，都得从外面运来。而掌握港区的科普特商人，借此大肆收受贿赂，囤积居奇。一个大饼的价格，比之前涨了几十倍，导致城区人心惶惶。
另一方面，各个区域的管理也形同虚设。只要花钱，就能从这些人手里获得通行证，自由来往。因此，瘟疫还是很快就扩散到了所有区域，包括军营和富人区。
在黑死病面前，权势、信仰和金钱都失去了意义。谢赫雇佣的贝都因部落兵大量死亡，剩下的人仓皇逃走，回到偏僻的沙漠边区，不敢来了。
那些南下的豪族和包税人，自从逃离下埃及之后，都在抱团行动，希望以此保证自己的安全。而且，他们还经常在各个区域频繁来往，寻找敛财机会。所以，在黑死病期间，这些人的损失，比以往还要严重的多。
等瘟疫高峰过去，他们聚集的库斯港富人区，已经十不存一。不少包税人整家整族地死亡，大量刚刚被他们圈占的房产，又空余了出来，甚至找不到能接手的人；大白天，胡狼和秃鹫，就在这些曾经让周围人不敢奢想的豪宅里公然出没，寻找食物。
上埃及的地方豪强，纷纷学着，开始闭门自保，和苏丹政权几近断绝关系。维持上下层之间往来的包税人和文官阶级，几近全军覆没，导致本来就脆弱的苏丹政权，这下几乎全盘崩溃了。
谢赫本人住在卢克索的营地里。这个地方，就是远古时候，埃及的旧都底比斯。别的东西可能不多，但城外的各处荒地、岛屿上，各种建筑遗迹，倒是遍地都有，提供了良好的临时遮蔽场所。
瘟疫爆发之后，居民们习惯性地逃出城，跑到那些废墟里避难。谢赫多坚持了一段时间，眼见秩序已经完全崩盘，也被手下架走，仓促南逃到阿斯旺一带，躲到尼罗河中间一个岛屿上。在那里的异教神庙遗迹中，暂时驻扎下来。
可能是因为古埃及人支援未来的遗迹比较多，大家跑得比较分散，所以损失的相对少一点。瘟疫结束之后，谢赫等人陆续返回，又收拢属下，得到了一
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