支持德川家康的事情，他长期盘踞长崎，通过走私贸易建立起自己的武装船队和海盗集团，想要完全垄断大明、倭国、朝鲜、琉球等地的东海海贸，当第二个王直，这是朱载坖所不能容忍的。
李旦在长崎时，大肆招募流民和倭国浪人，以充实自己的海贼团，尤其是倭国浪人，这些人只会打仗杀人、悍不畏死，用这些浪人为他的走私船队护航，若非这次大明准备征讨德川家康，朝廷还注意不到他，对于这种人，朱载坖当然不会客气，一面晓谕督师南京大学士沈鲤，督促东南官府、海关、水师剿灭李旦的海上力量，决不允许李旦在海上作威作福，颁布赏格，能够擒斩李旦的，给官指挥使，赏银一万。
另一方面命令北洋水师提督陈璘督率水师，封锁倭国，除了大明朝廷和为朝廷运输物资的船只之外，任何其他船只不准接近倭国，违者一律予以击沉。
在严世蕃和王直等人的组织下，朝廷迅速征调各种物资和援兵，通过大连、天津和釜山向安东都护府补充各种物资和调集援兵。