对于这些僧人，朱载坖自然是没有什么好脸色的，从嘉靖死后，朝廷上下对于道士是十分防备的，但是对于僧人，反而有些优容。但是现在朱载坖不会继续优容下去了，而且张居正也对于这些和尚极为不感冒。
在张居正的亲自干预下，礼部很快就拟定了相应的办法，现在的问题是僧人太多，已经影响到大明朝廷了，所以礼部很快就向朱载坖上疏称：“今僧众不耕而食，不蚕而衣，且又不当本等差役，可谓食之众而为之不舒矣。其军民壮丁私自披剃，而隐于寺观者，不知其几何。民食不足，府藏之空，职此之由，若不通查僧道之数，以示再度之禁，则游食之徒，何有纪极。”
礼部认为要严厉限制这些僧人的数量，严禁私自剃度，礼部奏请节制僧道数量，规范僧道行为，礼部认为，对于已经获取度牒的僧道，礼部要进行相应的监督与管理，不符合者会被淘汰。“凡各寺观住持有缺，从僧道官举，有戒行通经典者，送僧录道录司，考中具申礼部，奏闻方许。州县僧道未有度牒者，亦从本司官申送如前考试，礼部类奏出给。凡内外僧道二司，专一检束天下僧道，恪守戒律清规违者，从本司理之，有司不得与焉。若犯与军民相干者，方许有司惩治。”
同时要对于这些僧人加以管束，约束他们的行为，不要以为狗头一剃，头顶戴个九筒，就跳出三界外，不在五行中了，礼部要制定发布僧道禁约，规范其行为举止，如有违反者，严惩不贷。
而在申时行的领导之下，很快拿出了一整套的祠祭措施，朝廷在南北两京设立悯忠祠和贤良祠，用以祭祀死于国事者和忠臣良将，而在各省府也要设立贤良祠，祭祀本地的忠臣良将，而悯忠祠的设立就更加广泛了，从南北两京到各府州县，都要设立，各府州县悯忠祠主意是祭祀死于此地或者原籍在此的死于国事者。
同时要收集从大明建国以来死于王事者的名单，对于一些大的战场，如土木堡等地，朝廷也要专门立庙祭祀，抚慰忠魂，申时行的这个上疏得到了朱载坖的批准，同时行文官军各部，日后凡是军士战死沙场者，朝廷要予以及时收敛，即便是因为条件所限，无法及时收敛的，也要带回骨灰或者遗物，以褒
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