，少者五六百名”。塔尔寺、郭隆寺、祁家寺、郭莽寺等寺院中潜藏盔甲，制备军械，私设武装。“更有各处奸徒，干犯法纪，遂逃入喇嘛寺中，地方不能追，官吏不能诘，而喇嘛寺院渐成藏奸匿宄之薮。
这是绝对不能够容忍的，对于这些寺院要予以限制，不能让他们成为朝廷控制的地方的障碍。
还有就是要修筑边墙，禁止蒙古进入河西通道。青海与河西虽以祁连山相隔，但其间隘口众多，在在相通。朝廷要在这些地方分拨军士，修筑边墙堡垒，以隔绝青海和蒙古。同时要用茶马贸易以牵制这些头目，不仅仅是蒙古人，这些藏民对于茶叶的需求也是很大的，朝廷要利用好茶叶这个工具。
同时还要增加青海的百姓人数，加强朝廷对于青海的直接管理，定沿边藏族赋税额。甘州、凉州、庄浪、河州、西宁、松潘、打箭炉、里塘、巴塘、中甸等地藏族原向寺院缴纳赋税，所受剥削十分沉重，将沿边藏族改归附近道厅管辖，其户数造册送部存案，由官府收取赋税。其应纳粮草，则照从前纳于西海，纳于喇嘛者少减其数，以示圣朝宽大之恩。
青海兵多民少，难以就地取给，要增加青海的百姓数量，将直隶、山东、山西、河南、陕西五省军流人犯发遣青海，由地方官拨给地亩、籽种、耕牛，开垦屯种。三年后按例收取粮草，土地即为永业，用以加强朝廷对青海的控制。
同时对于青海的行政区划问题，要由青海、四川、云南等沿边省份共同确定，朱载坖命令李成梁继续南下，肃清青海南部的反抗势力，同时朝廷要派遣钦差，实地考察之后确定省界，以近川归川，近滇归滇为原则，保障朝廷对于青海的控制，在召索南加措活佛到京师来，共商治理青海之策。
对于青海的事情基本上就是如此处理，除了青海的战事之外，就是南洋的战事了，现在俞咨皋已经夺取了马尼拉，同时从马尼拉的府库之中，缴获了金银四百余万两，这下大明的军费算是有人报销了，接下来应该怎么处理此事，是一个问题。
朱载坖认为，先将缴获的银子转运到广州、上海两铸币厂，将其中的白银铸成银钱，黄金交解内承运库储存，同时从内承运库发银钱三十万，犒赏参
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