来的官军和石柱土司兵。
而在京师，虽然朱载坖尚不清楚贵州前线的具体情况，但是朱载坖并不认为杨应龙能够翻起什么大浪，不过朱载坖现在要思考的主要是贵州怎样进行改土归流，现在贵州的土司，主要是播州杨氏、水东宋氏、水西安氏还有南部的所谓八番地区，对于朱载坖来说，此战之后，播州杨氏自然是要被铲除的，但是对于贵州的其他土司，是否也要进行改土归流，朝廷的意见并不统一。
大部分的朝臣认为仅仅将杨氏的播州予以改土归流就行了，不必大动干戈，毕竟朝廷剿除了杨应龙之后，就要恢复贵州的秩序，要是在这个时候大规模推行改土归流，再度激起土司的反抗的话，对于朝廷来说战事迁延，所需要的钱粮开支太大了。
还有一部分的官员们认为，川、黔、滇三省相邻，这里也是土司聚集的地方，对于朝廷来说，现在主要的应对办法就是以夷制夷，用土司对付土司，如果大规模实行改土归流的话，可能会激起土司大规模的反抗，这对于朝廷在西南的统治是不利的。
兵部尚书汪道昆都上疏称：“滇与蜀、黔壤地相错,故三省之贼纠结披猖，不讨蜀、黔之贼,则滇不得安，滇不得安，则缅亦不得安，故不可轻动，只剿杨贼，安抚水西、水东，徐徐图之。”
这个问题确实是朱载坖要考虑的问题，现在朝廷在西南的兵力还不够充足，而且这些土司之间，互相勾连很深，朝廷要是盲目推行改土归流的话，可能激起更大规模的土司反抗，尤其是水西安氏和四川的永宁土司，他们之间的勾连就非常之深，一旦闹起事来的话，就是川、滇、黔三省不安宁了，朝廷现在还要安定缅甸，不能再使得西南出现动乱了。
张居正也上疏认为，处理这些土司，不能一蹴而就，要徐徐图之，改土归流也不是一时一地就可以立即办成的，对于这些土司，要根据这些土司的实际情况再予以区处，朝廷不可能长期在贵州保持重兵，所以不能够再大动干戈。
内阁提出了一整套的解决办法，对于贵州的土司，要分门别类的予以处理，直接反叛的杨氏，肯定是要予以彻底剿除，但是对于贵州的其他土司，则要区分情况予以处置，内阁建议，对于水西
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