时谭纶再次请辞，朱载坖有些担忧的说道：“蓟辽股肱之地，公若去之，谁可继任？”朱载坖当然知道谭纶的身体已经是勉为其难的在支撑了，但是蓟辽乃是重地，要是没有精通军务的重臣重镇，朱载坖是实在不放心。
谭纶向朱载坖举荐了南京工部尚书凌云翼，凌云翼也确实是知兵之臣，从以右副都御史巡抚江西，疏论卫所消耗弊事多得施行。然后担任南京兵部右侍郎、右佥都御史、总督两广军务，后巡抚广东，败海寇林凤，平两广罗旁、河池瑶民起事，在军务上还是颇有一番作为的。
现在谭纶病重，朱载坖不得不同意了谭纶的请求，调南京工部尚书凌云翼为兵部尚书总督蓟辽大宁等处军务事。谭纶以兵部尚书衔在京师养病。
随后朱载坖发布命令，升大理寺卿赵锦为兵部左侍郎兼左副都御史，经略贵阳，督川、黔、滇三省之兵，剿除杨应龙，赐天子剑、银令箭。
任命黔国公沐昌祚为提督滇黔军务事，挂平蛮将军印，督云南官军及土司兵速赴贵阳进剿。