张居正对于此事也有些为难，从内心来说，张居正不愿现在用兵，因为朝廷正在大规模推行改革的过程当中，一旦大举用兵，势必影响到朝廷的各项改革措施，但是杨应龙现在反心毕露，要是再听之任之的话，日后必成大乱，在权衡再三之后，张居正还是主张先剿除杨应龙，以免其做大，但是张居正也请求朱载坖要控制用兵的规模，不要因此影响到朝廷推行新政。
在和首辅达成了一致之后，朱载坖于是召集六部九卿和参赞军务大臣，共商播州之事，朱载坖命令缇帅陆绎也参加会议，将锦衣亲军所打探到的情报向重臣们出示。
就是锦衣亲军现在所掌握的情况来看，杨应龙是不得不剿了，这厮内则僭越王章，无复人臣之礼；外则矜诩物力，有轻中国之心，不早加剿除，必成后患。
杨应龙在播州，奢淫无度，穿饰用龙凤的服装，使用皇帝御用之物，违制建宫室，用黄金装饰门扇，睡象牙床。而且在言语行为之中也颇为傲慢，杨应龙于海龙囤题有对联曰：“养马城中，百万雄兵擎日月；海龙囤上，半朝天子镇乾坤。”又匾其门曰“半朝天子”，可见杨应龙妄自尊大，无视朝廷权威。
锦衣亲军密探在奏疏中称：“应龙所居饰以龙凤僭拟至尊，令州人称己为千岁，子朝栋为后主。益选州人子女为绣女、阉人，间有女十三岁以上皆献之，谓之‘呈身’，须不用乃嫁之。不呈身而嫁者，罪至死。尝一日而阉割三十二人，其凶残不道类如此。”
这些行为无疑是在挑衅大明朝廷，现在大明屡获大胜，使得臣子们的心气也高了不少，重臣们当然无法容忍杨应龙的这种行为，坚决要求对其用兵。
朝廷对于用兵基本上是没有异议的，只是具体要怎么办，尚且没有准确的方案，毕竟杨应龙世代在播州，再加上当地地形复杂，朝廷的控制力不足，要想用兵，还要慎重思量。
朱载坖再和重臣们商量之后，决定先准备，而不是立即用兵，朝廷密令贵州巡抚邢阶整顿兵马，同时和当地不满杨应龙的土司接触，争取他们的支持，同时用云南、四川抽调援兵，从四川运输粮秣，囤积粮草，以备官军征伐。
征战大事，当然是要慎择良将，领兵作战，朱载坖之前是
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