基本属实，东南的豪强地主们与地方官吏、漕帮和漕运官吏、盐政官吏合谋盗卖朝廷漕粮，利用漕船的免税特权逃避钞关税收，同时勾结盐政官吏，贩卖私盐还有贩卖朝廷禁榷物资，豢养家丁私兵，擅自持有违制兵刃等事，罪证俱在，但是对于严世蕃所指控的谋逆大罪，三法司认为证据不够充分，不能够认定其谋逆。
对于三法司的上疏，朱载坖通过御批予以答复，朱载坖御批道：“彼辈勾连漕帮，心怀叵测，且暗结匪类，私藏军器等，虽无谋逆之情，然已有谋逆之行，如不严惩，国法何在？”
朱载坖和法司官员们的看法明显不一致，法司官员们是根据这些人犯的口供认为他们主观上没有谋逆的意图，故而认定他们不构成谋逆大罪，但是朱载坖认为，虽然他们主观上也许并没有谋逆的心思，但是他们把持乡里，盗卖漕粮，私藏军器，同时与漕帮这样既有卫所军户背景又是江湖帮派社团的团伙向勾结，其行为已经对大明朝廷构成了威胁，所以必须以谋逆论处。
同时对于他们的量刑问题，法司从斩立决、绞立决、斩监候、绞监候到流、徒等刑拟定了详细的判罚，不过朱载坖认为这样的判罚太过于复杂了，而且对于涉案官吏的惩处不够严厉，朱载坖召集内阁和部院大臣们商量之后，决定对于这些涉案人员予以分门别类的处理。
第一类，涉案的豪强士绅们，首先一律抄没家产，三族流放缅甸或河套，对于直接参与制造天妃闸覆船案和徐州水次仓失火案的，一律斩立决，在地方有欺男霸女，兼并土地，民愤极大的，也一律斩立决。
第二类，就是涉案的官吏，涉案的官吏分为两部分，第一部分就是直接参与两案或者说帮助这些豪强们毁灭证据的官吏，不问情节，不分轻重，一律斩立决，端朱家的碗，砸朱家的锅，这种人是绝对不能容忍的，不仅要斩立决，抄没家产，还要将三族流放缅甸、哈密等处，第二部分是平时接受这些豪强贿赂，为他们盗卖漕粮、贩运私盐等大开方便之门的官吏，依照其受贿或者给朝廷造成的损失，按律严惩，同时将其中情节严重者妻子流放缅甸、哈密，情节一般者，举家流放大宁、辽东、河套等处。
第三类就是漕帮
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