朝廷建立了完善的货币制度和仓储制度，有了足够的能力推动大明的赋役制度改革，所以对于张居正的这个想法，朱载坖表示了支持，而张居正要求的重阁权、省议论，朱载坖认为也是可行的，科道作为监察机构，主要是在朝廷的施政过程和结果中予以监察，而非参与朝廷的决策过程。
而且现在的内阁已经被剥夺了军事职能，专注于行政，应该给与内阁足够的权力，以推行改革，这点朱载坖是很清楚的，现在朝廷要大刀阔斧的推行改革，一个强势的首辅是必要的，对于朱载坖来说，现在需要张居正这么一个强势的首辅来帮助朱载坖压制群臣，推动改革。
而张居正要求朱载坖两三年之内不要用兵，也确实是符合朱载坖的想法，经过这一轮的打击，不管是北虏还是倭国，现在都被大明打服了，大明也需要时间消化吃下去的土地，将其变成对大明有利的领土，然后再进行下一步的动作，所以朱载坖同意了张居正的请求，决心以赋役制度为改革对象，变革大明的各项制度。
张居正到任之后，首先要解决的并不是赋役改革，张居正第一个要发难的对象是漕运，张居正向朱载坖上疏，痛陈漕运的成本极高，百姓负担沉重，张居正以首辅之尊开炮，炸鱼的效果是相当明显了，一众东南出身的官员纷纷上疏，要求漕粮改折或者变更方法的呼声是相当之大。
对于张居正拿漕粮说事，朱载坖也是默许了，毕竟漕粮运输确实是损耗极大，朱载坖之前一直没有处理罢了，现在朝廷两三年之内不会用兵了，再加上现在有缅甸、暹罗等处海运的粮食，朱载坖才能够放开手脚整顿彻底整顿漕运。
在张居正的带动之下，很多官员纷纷上疏直言漕运的各种弊端，作为大明的天庾正供，漕运是大明最重要的物资来源之一，也是历代朝廷下大功夫保证的事情之一，在大明，几乎没有什么事情比之漕运更加重要了，但是因为每年向京师运输六百万石的漕粮，给沿岸的百姓带来了沉重的负担。
很多臣子们痛切上疏，极言漕运现在存在的各种弊端，他们认为：“以大势言之,前人之于河运,皆万不得已而后出此者也。汉、唐都长安,宋都汴梁,舍河运无他策。然屡经险阻,
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