建纵深防御，增加防御的韧性和强度，大明的边防形势错综复杂，拒敌于国门之外固然是理想的防御模式，但朱载坖很清楚，世上没有突不破的防线，一旦突破大明的防线，北虏就会接近大明的腹地，所以大明必须要构建有纵深、多层次的北部边防体系。
其实这点在洪武朝所构建的北部边防体系中有所体现，除了在大宁、开平、东胜等外边建设边防体系之中，还要设置内边，作为大明的最后一道防线，而在外边和内边之间，还要选取有利地形，修建边堡，而内边的起止，大概就是现在的九边，自偏头、雁门、紫荆、历居庸、湖河川、喜峰口，直至山海关一带，延袤数千余里。山势高险，林木茂密，人马不通，实为第二藩篱。
朱载坖命令在这些地方也要增修边堡，同时还要配置预备队，修设险隘，严加戍守，在外边和内外之间，就是大明的纵深防御带，官军的主要任务就是将北虏拒之于国门之外，如果北虏突破外边，官军就要在内边和外边之间的纵深防御带将入侵的北虏予以歼灭，同时坚守内边。