黄台吉之间的关系也有更加微妙了，黄台吉频繁的和鄂尔多斯部、青海的蒙古部落联系，大有一旦俺答去世，谋取汗位的心思，三娘子、把汉那吉也积极的整兵备战，防止俺答去世之后黄台吉的作乱。
种种迹象表明，俺答可能命不久矣，所以大明必须早做准备，以免到时候来不及，所以隆庆十三年大明要做的第一件的就是对于宣大山西、陕西三边的官军整顿，加强战备，为俺答的去世和大明介入土默特部提供条件。
在朱载坖和练兵军务处、五军都督府、兵部、内阁、户部的商量之下，隆庆十三年正月十六日，就发布诏书，命令九边官军检查战备，尤其是军储、战马、军器等的储备情况，有不足的立即向朝廷上奏予以补足，而且将隆庆十三年的九边官军改编先予以暂停。
之前在宣大山西三镇实行的镇协军制在试行之后，得到了督抚和大将们的支持，这样可以减少冗兵，提高官军的战斗力，所以大明在之后又在宁夏、固原、甘肃三镇实行了镇协体制的改革，三镇都编设十二协，其中步骑炮协七个，骑兵协五个，本来按照计划，今年是准备在蓟镇、辽东、大宁和其余的九边各镇实行镇协体制的改革，但是这些都被紧急叫停了，九边转入临战状态，尤其是宣大等镇，要严密监视土默特部的情况，防止出现意外情况。
同时遣使积极和把汉那吉、三娘子沟通，陕西三边等处的官军，也要积极监视河套和青海的北虏，防止他们的异动。
诏令下达之后，朱载坖还命令对于京营、亲军诸卫进行检查，尤其是京营和亲军诸卫的骑兵部队，要查看战马情况，命令太仆寺向各镇官军、京营、亲军诸卫的骑兵补充战马，同时命令户部准备一笔银子，用作战费，不能动用，然后从京通仓提前调发粮秣等向宣大方向起运，从河南等地向陕西等镇预先调发粮秣，以备可能出现的战事。
当然，在这种情况之下，对于倭国的支持就要适当减少了，朱载坖通过密疏和徐渭商量今年朝廷在倭国的举动，朝廷短期内是不太可能再次向倭国增兵了，现有的兵力就是徐渭现在能够支配的全部兵力了，不仅如此，由于现在朱载坖也不能确定和土默特的冲突到底有多大，会持续多
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