臣高拱等人认为，兀良哈和其他的蒙古部落是有区别的，毕竟兀良哈市属夷，是大明的臣属，尽管兀良哈经常背叛大明，但是大明已经进行了征讨，也算是施加了惩罚，若是大明再拒绝通贡，就是将兀良哈往土蛮那边推，变相的增加土蛮的力量，这是不可取的，他们认为，对于兀良哈，可以恢复通贡，但是之前的赏抚要予以全部取消，兀良哈部要向从大明手中获取赏赐，要么是向大明提供情报，尤其是有关女真人和土蛮部的情报，要么就是随同大明官军出征，斩获首级，换取赏赐，除此两种情况之外，不能滥施赏赐。
朱载坖支持了李春芳和高拱的意见，下旨拒绝图们汗的求贡，同时准允兀良哈部通贡，但是严格限制通贡的规模，只允许大宁镇一口通贡，不准其在索要赏抚之类的东西。
朱载坖处理了这些事情，就开始处理北直隶的屯垦问题了，随着北直隶的水利兴修了之后，户科给事中徐贞明之前曾经上疏建议在北方兴修水利,推广种稻。朱载坖对此事很重视，将徐贞明的奏疏转发给顺天巡抚申时行，要求他在北直隶试行，看能否在北方种植水稻。
申时行在永平府种植水稻，取得了成功，但是却被很多官员上疏弹劾，而且朱载坖发现弹劾申时行的还多是北直隶出身的官员，朱载坖一下子警惕起来了，事出反常必有妖，朱载坖一面命令陆绎和冯保密查此事，一面召见了内阁首辅李春芳和东阁大学士潘晟。
朱载坖将这些弹劾申时行的奏疏给两位阁臣们看了之后问道：“这北直隶出身的官吏纷纷上疏弹劾申时行，这可有些奇怪啊！”
这事确实蹊跷的很，按说申时行此举是为了发展北直隶的农业，改善当地的经济条件，使的百姓们能够多收一些粮食，这是善政啊，这弹劾确实是蹊跷的很，所以朱载坖召见了李春芳和潘晟两人，因为他们都是南方人，面对朱载坖的这个问题，两位阁臣们都是苦笑。
李春芳为朱载坖解释了其中的缘由，说白了，就是因当地民众惮于力作，而北方贵势之家担心他们的大量荒闲土地，因修水利之后失去芦苇薪荡之利，还要像江南一样交纳赋税，所以极力反对，坚决不允许在北方兴修水利，推广水稻的种植。
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