朱载坖这么做的主要目的削弱巡抚、总督的军权，加强朝廷对于边镇军队的控制能力。
按照朱载坖准备在宣大山西实行的新军制，巡抚直接领导都指挥使，是守土有责的封疆大吏，巡抚的主要职责是守卫疆土、平息叛乱，领导布政使司、按察使司和都指挥使司推行朝廷政策，安靖地方，而总督的职责是御敌于国门之外，总督和提督的职能在这次改革中获得了明确的划分。
总督作为朝廷派出的钦差，主要的任务就是监督提督、总兵和都指挥使等各级军官，核实军籍，清查军储，监督提督、总兵等各级军官按照朝廷的指令用兵，同时负责后勤保障，转运粮秣等事情，在战时负责整肃军纪、核实军功等事情，同时对于边镇大规模的军事行动，总督有独立建议权，可以通过密疏直接向皇帝建议。
同时对于和战问题还有边镇临时出现的来不及请示的战事，总督有专断之权，提督必须接受总督的方略，但是提督才是本辖区最高军事长官，独立行使指挥权，总督只能参劾但是不能越过提督指挥总兵，临敌应变是提督、总兵的权柄，与巡抚、总督无涉，同时提督还有直接向皇帝上密疏的权力，提督、总兵主要是接受练兵军务处的指挥而非是总督和巡抚的指挥。
这点是朱载坖早就要做的，也就是朱载坖一直提的重将权，将行政权力和军事权力分开，巡抚负有守土之责，而总督更多的是对地方行政的监督，同时保障大军后勤，监督大军行动，作为朝廷的钦差，核实军籍、军功，与提督一道制定作战方略。
而提督则是作为朝廷派驻一个地域的军事长官，领带下辖的所有总兵和都指挥使，对于辖区的安全负有责任，朱载坖给总兵、提督的责任是详查敌情，先敌而动，御敌于国门之外，歼敌于旷野之间。同时明确各级军官的任免权限，一棚的小旗官由游击将军负责任命，报兵部备案即可，一排总旗官由游击将军报参将批准之后，向兵部报备即可。
而一队的百户官，则要由参将上报副将，经总兵官审核之后，由总督和提督向兵部报备，一营的千户，则由总兵官提请提督、总督审核之后，报兵部批准，而千户以上军官，由提督、总督向兵部提交名单，由兵部
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