朝廷用法严苛，诛罚过度，这是会导致朝廷动荡的，所以他们认为应当给这些本案划定一个详细的范围，不要过分的株连了。
朱载坖当然也知道辅臣的意思，不过朱载坖有自己的看法，一来此案和郭桓案还是有很大的不同的，郭桓案多少有些借题发挥的意思，但是这次的盗银案可是实打实的案子，二十八万两的白银不翼而飞，可不是什么小事情，朱载坖认为惩处此案的相关人员并没有什么不妥。
其次就是惩处的对象不同，郭桓案主要针对的是当时朝廷里的官员们，但是这次朱载坖穷究盗银案，主要是针对的六部的吏员，虽然朱载坖已经实行考选吏员几年了，但是在京师和地方的吏员们，仍然有大量的世袭吏员存在，尤其是京师六部中，这些吏员往往比之朝廷的官员们贪墨起来更加疯狂。
而且各种的陋规，也是这些吏员们最擅长搞得事情，朱载坖早就有打算收拾他们了，只是没有足够的证据罢了，而这次的盗银案显然给了朱载坖机会，朱载坖要借机将这些六部的世袭小吏狠狠地收拾一顿，将这些人清理出六部，还有与之勾连的中下级官员，都是朱载坖收拾的对象。
不仅仅要将这一班硕鼠揪出来，更要追赃，二十八万的官银是绝对不能少的，同时更要将这些搞陋规的世袭小吏清理出朝廷，震慑他们，使他们不敢再贪赃枉法了，对于这些小吏的贪墨，朱载坖是深恶痛绝的，从某种意义上来说，他们比之一些部堂督抚的贪墨，更加令人愤怒，而且他们的胆大妄为，也是令人咋舌的。
朱载坖想要整顿六部的这些小吏，倒是得到了李春芳、张居正的赞同，从朱载坖即位以来，整顿官场风气，实行三途并进，官场的怠惰之风已经有了很大的改善，但是吏员，尤其是六部的吏员，却没有多大的改变，因为这些吏员往往是世袭的，虽然不是官员，但是他们熟悉衙门中的各种文书，通晓衙门的明暗规则，对于很多官员们来说，没有这些吏员，就很难开展工作，所以即便是朝廷推行吏员考选，六部的吏员仍然很顽固。
这其中又尤其是户部最为明显，因为这些户部的积年老吏，把持账目，甚至还有官员们的把柄，使得官员们不敢轻易开革他们，朱载坖
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