除了水利之外，朱载坖比较重视的就是水师战舰的制造和燧发火铳的批量装备。
随着大明的工匠还有文思院对于从西洋来的各种机械吃透了之后，大明自己的工匠也发明了大量的机械用于军器、船只的修造中来，朱载坖对于这些能够发明机械或者改进军器的工匠都兑现承诺，不仅给予官职，也不吝赏赐，现在大明生产的三、四斤熟铁炮在射程和精度上已经青铜炮相差无几了。
这样的话就可以将大量的铜料节省下来，用于铸造制钱和铸造海军舰炮。
同时文思院和军器局听取了戚继光等前线将领的意见，对于燧发火铳进行了改进，长度增加到五尺三寸，刺刀的长度也增加到一尺五寸，这样的话士卒在白刃战中就能够取得更大的优势，同时将燧发火铳的弹丸重量增加到九钱，以增加火铳的杀伤力。
经过改进的火铳被朱载坖命名为隆庆十年式燧发火铳，朱载坖要求严世蕃督促各工场增加产量，现在没有仅仅一万支的产量远远不足供应大明官军使用。
朱载坖要求严世蕃将产量想办法提高到三万支每年，同时将成本压缩到三两以下，同时应严世蕃的奏请，朱载坖在北直隶设立了更多的工场，将工场专业化，以应对朝廷和百姓对于军器和各种机械的需求。
严世蕃还奏请朱载坖，现在天津造船厂有空余的船坞，因为水师主要需要的是大型战舰，中小型的战舰大连、松江、南京、广州等地都可以制造，但是现在民间对于船只的需求是很大，严世蕃请求朱载坖准允朝廷的各官营船厂承接民间的订单，这样一来可以增加工匠的收入，提高他们的积极性，同时可以增加收入，补充为朝廷造舰的费用，节省开支。
朱载坖同意了严世蕃的奏请，但是要求各船厂首先要保证水师的战船按期交付，并且保证质量。
南洋水师提督俞咨皋也向朱载坖上奏两事，第一是之前朱载坖派遣去西洋出使的罗万化等人已经从尼德兰返回，抵达广州，正在修整，准备返回天津，俞咨皋提前奏报朱载坖，请示是否派遣战舰护送。
第二件事情就是随着大明和南洋的交往增加，海盗又重新在南洋等地出现了，俞咨皋奏请朱载坖，请求率领水师，肃清海盗，借机锻炼水师。
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