对于家丁问题，朱载坖之前也做过一些限制，但是现在看来家丁的弊端已经是暴露无疑，再不立即禁止，恐怕官军的战斗力会受到极大的影响。
戚继光在奏疏中称：“近来将官只收拾家丁三、二百名，遂将营伍之众绝不问理，逃者不补，补者不练，无怪乎军容之日弱也。”
朱载坖将戚继光的奏疏下练兵军务处，要求各位参赞军务大臣们就戚继光的奏疏发表意见，兵部尚书汪道昆率先上疏，支持戚继光的建议，要求在官军中将家丁废除，不允许将领豢养家丁，汪道昆在奏疏中说道：“操练之檄何月不行，操练之事何日不说？乃诸镇将自一二蓄养内丁外，皆视营兵为无用而不屑操。不惟不操也，且使为内丁厮役，诚如是，虽使岳家军到今日，亦将逃亡乞丐不暇而奚暇能军。幸语诸镇将以视内丁之心视营兵，则无不强也，以收拾内丁之心操练营兵，则无不可战也。”
汪道昆认为，家丁的存在，会影响官军整体的战斗力，应当予以整顿。
协理京营戎政兵部左侍郎王崇古也上疏认为：“树奇勋多藉家蓄之兵，蓄家兵必由私殖之厚。”家丁制度实际是建立在对卫所和朝廷官军的吸血上的，所以要坚决予以废除。
不过对于是否废除家丁，马芳、李成梁等人是有异议的，因为他们之所以能够建功立业，就是依靠家丁的，马芳、李成梁等人的作战风格就是以小股精骑为主，由于家丁数量少，精于训练，战马等装备充足，其机动性非常强，能够承担远出捣穴的任务，边将只要对家丁这一精锐统率得法、运用得当，那么建功立业就会比较容易。
所以马芳、李成梁等人都认为家丁还是有用处的，最重要的就是保卫自身安全，不管是在面临哗变还是临敌应战中，家丁和将领都是共同进退的，马芳之所以能够驾驭宣大的骄兵悍将，也就是依靠他麾下的马家军，所以他们认为家丁一时半会儿还不能够废除。
不过内阁的几位辅臣并没有就此发表看法，朱载坖于是派人去询问高拱等人的意见，高拱张居正等人随后以内阁的名义向朱载坖上疏，陈述了自己的想法，内阁的看法是，家丁最大的作用就是保卫将帅，同时承担在战场上督战、率先冲锋，激励士气等职
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