所以海关要定为二品衙门，是因为海关的地位重要，不仅是海关关税现在在大明的收入中占据十分重要的地位，海关还是大明朝廷直接和外国交往的机构，当然要予以重视的，所以朱载坖的看法是将提督海关改为海关市舶总署衙门，长官为海关市舶使，海关市舶副使由缉私总兵兼任。下设市舶、税务、缉私、审计四司。
在各沿海沿边省份都是设立分司，负责管理当地的海关，征收关税，打击走私，各地的海关市舶分司长官为市舶使，市舶副使由缉私参将或者缉私副将兼任，同时在南京和广州设立巡视海关钦差右佥都御史，负责对东南、闽粤等地的海关衙门进行监察巡视，发现有贪墨行为的，立即上奏处置。
对于朱载坖的这个看法，内阁先是有点诧异，但是也并没有反对此事，户部则是认为海关由本来受户部监督现在变成了和户部平起平坐了，有些无法接受，但是朱载坖重申，有关财政事项，仍旧由户部管理，关税也要解运太仓，账目也要由户部审核，户部为此要专门单设一个机构，来负责管理审核海关、钞关、盐政等衙门的账目。
这事确实是让刘体乾很头疼的，现在朝廷的收入是增加了，但是各个衙门的账目也是成倍的增加，户部原本的十三个清吏司，以代管的方式去审核这些衙门的账目，已经不太现实了，工作量太大了，所以朱载坖所提出的新设衙门负责审计一事得到了刘体乾的赞同。
朱载坖顺势提出了设立单独的审计官署的决定，按照朱载坖的计划，在户部下设审计院，审计院使由户部左侍郎兼右都御史担任，专司对于朝廷各衙门账目包括南京各衙门账目的审计，只要发现问题，立刻具本题参，交都察院审理，朱载坖的这个建议倒是得到了大臣们支持。
账目审核一向是个非常痛苦的事情，户部原有的十三清吏司现在就只负责对于地方各布政使司的账目审核，同时为了一一对应，将十三清吏司增加到十五清吏司，增加辽东和缅甸两个清吏司，而朝廷各官署的账目则由审计院负责审核，以防止贪墨。
朱载坖要求将这些决定立刻拟定诏书，昭告天下。
而在外巡视的朱翊釴也向朱载坖发回了奏报，朱翊釴的第一站是河间府，
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