朱载坖的想法是对卫所逐步进行改革，最终将卫所取消，军户变为百姓，才是目的，只是现在军户数量十分庞大，骤然予以改革，显然不是一个好办法，朱载坖准备以山东都司作为试点，将脱产军队和军户分开，脱产的班操京军属于朝廷的经制之兵，而普通军户和所谓的世袭军官则是逐步的平民化。
同时经过改革之后，朝廷军官的主要来源是武举和国子武学的军官，而不再是卫所的世袭军官的。
练兵军务处很快就拟定山东都司的改革方案，主要是对山东的军屯予以清理，减轻军屯的科则，将军屯土地的赋税都地方统一收取，取消都司的财政权力，同时解放这些军户们，避免卫所军官役使这些军户。
京操班军减为两万人，其余的所有正军，不管是守城、还是运粮军士，全部脱产，按月发给军饷、月粮，屯田军士放归家中分给土地，照民田起科就行了。
按照练兵军务处的规划，经过改革的山东都司，军事和财政职能都被大大弱化，主要负责从军户中征募合格的士卒，更多的成为一个兵役机关，同时他们正军、军余子弟、舍人的户籍，负责在农闲时组织军余子弟、舍人等进行军事训练，负责官军的预备役。
而实际负责作战的则是地方的镇守总兵官，将作战部队和预备役、军户分开，是这次对卫所制度的一个重大改进，现在其实朝野都很清楚，卫所兵不能上阵作战，真正能够上阵作战的，也都是九边和京营的脱产军人，朱载坖和练兵军务处的参赞军务大臣们商量之后，认为要降低大明军队的总员额，提高战斗力。
原本大明官军总员额极为惊人，高达二百多万，但是实际上有战斗力的并没有多少，大明军队纯粹是虚胖，所以朱载坖要练兵军务处，接下来就是汰虚精实，将官军的总员额减少，提高官军的战斗，保留全脱产的军士。
除了对卫所进行改革之外，朱载坖还提出将水师单独升格为一个军种，设立专门的衙门管理水师，现在水师的地位仍然不够高，在朝廷重臣们眼中，水师还是不如精骑重要，从各地提督军务总兵官的选择上就可以说明此事，陆路总兵升任提督是正常的，但是水师总兵则基本不可能升任提督。
在兵部和朝廷
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