由兵部负责，但是涉及到军令指挥，则与兵部无关，在地方有提督、总兵为前敌指挥员，在朝廷有五军都督府和练兵军务处直接对朱载坖负责，即便是内阁、兵部也无权插手，只能发表建议。
对于朱载坖的这个想法，汪道昆也只能接受，但是安顿好了汪道昆之后，协理京营戎政兵部左侍郎王崇古也上疏认为朱载坖设立练兵军务处的决定不妥，朱载坖当然知道王崇古为什么反对，因为一旦设立练兵军务处之后，就相当于给他这个协理京营戎政上面弄了一个太上皇，这就会使得王崇古很痛苦，归根到底都是为了权力。
朱载坖没有理会这些事情，对于这些奏疏一律不报，他继续对大明的指挥体系进行自己的调整，原本九边各镇的奏疏也是通过通政司进奏的，这里面要经过通政司和六科的检查、发抄等工作，经手的人增加，就会导致军情的泄露，朱载坖认为军情信息不同于其他的奏疏题本，保密是首要的事情。
所以今后的有关军情的奏疏，不管是锦衣亲军的奏疏还是九边武将的奏疏，都不再经由通政司和六科，锦衣亲军的奏疏直接通过文书房转递朱载坖，而有关军机情报的奏疏，一律由五军都督府查收之后交司礼监文书房上呈御批，这样这样一来，就相当于给予这些武将变相的密奏的权力。
朱载坖的旨意下达之后，这些官员们当然不干了，纷纷上疏劝阻朱载坖，不过朱载坖倒是觉得这些文官们现在是越来越没种了，自从朱载坖实行庭杖的新办法之后，大明的英雄好汉好像就突然绝种了一样了，大家一时之间就变得文明了，什么死劾、扣阙、哭庙这样的事情就少多了，尽管官员们上疏很激烈，但是并没有什么出格的行为。
朱载坖对于这些奏疏一概留中不发，根本不予理睬，同时要求内官监收拾武英殿，作为练兵军务处的办公场所，原本武英殿最主要的职能是皇帝的便殿，是皇帝斋戒和召见臣工之处，现在成为练兵军务处的办公场所，这里处理的都是军机重事，保密是最重要的事情。
朱载坖御笔亲书了八个大字：枢密重地，擅入族诛，命令内官监刻成石碑，立在武英殿前，同时要求锦衣亲军加强对于武英殿的保护，不仅调派了大量的锦衣
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