协同办公的，但是事涉藩属，还是要重其体例以示朝廷之重视。”
朱载坖认为，理藩院的长官以礼部尚书衔掌院事，同时和其他六部一样，下设两位侍郎协助掌院处理政务，其下是各司，负责处理具体政务，这才是重点，涉及到理藩院的具体执掌。
首先就是从其他衙门划转理藩院的部门，原属礼部的会同馆、还有主客司的部分人员、鸿胪寺等都要转隶理藩院，除此之外，就是理藩院本衙下设的各司，经过朱载坖和重臣们商量，理藩院下设稽勋司、宾客司、柔远司、理刑司，稽勋司负责颁授印信，管理这些藩属的王位、服色等。
宾客司负责接待藩属的使者的，柔远司负责制定对这些藩属的赏赐，理刑司负责处理这些藩属对大明不恭顺或者说背叛大明等行为。
除此之外，朱载坖还下令在理藩院下设同文馆，负责负责翻译人才的培养，同时管理国书、诏书和藩属奏疏的翻译。
其中最重要的就是理刑司了，对于藩属的各种违制、违法行为，都要由理刑司郎中召集理刑司官员们会商之后，根据情节的轻重，上呈掌院，情节较轻的，直接由理藩院报请皇帝之后处分，可以予以申斥、暂停朝贡、减少贡使、加征关税等惩处措施。
而如果说事涉谋反、谋逆、谋叛等情节严重的不法事，甚至是需要用兵征讨的，那就要由理藩院掌院尚书和礼部尚书一起具折上奏，在经内阁召集兵部等衙门，会商之后，上呈皇帝惩处。
现在关键的就是谁来担任这个礼部尚书掌理藩院事了，赵贞吉、高拱推荐的是南京刑部左侍郎洪朝选，洪朝选是嘉靖二十年进士，在现在的官场也算是老资格了，历任户部主事、郎中，吏部郎中，四川按察副使，广西右参政，山西左参政，太仆寺少卿，都察院右佥都御史、右到都御史，刑部右侍郎、南京刑部左侍郎，履历丰富，洪朝选的官声很好，生平有学行政事之称，居官清廉，以名节自砥砺，致身卿贰，而家贫如故。
而杨博则是举荐原广西兵备佥事茅坤为理藩院尚书，茅坤的资历比之洪朝选要深厚一些，是嘉靖十七年进士，而且茅坤曾经是胡宗宪幕府中的核心成员，精通军务，也处理过这些藩属蛮夷之事，态度强硬，是处
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