文华、工部尚书朱衡等人认为，应该支持吐鲁番，因为现在的吐鲁番已经无法对大明构成威胁了，对大明构成威胁的是叶尔羌了，一旦吐鲁番为叶尔羌所吞并，哈密就会直接面对叶尔羌，到时候大明还是要面对是否用兵的选择，不可能轻易将好不容易夺回来的哈密给放弃掉。
他们认为应当支持吐鲁番和叶尔羌汗国的对抗，御敌于国门之外，这样是最稳妥的办法。因为叶尔羌汗国现在兵锋正锐，大明需要将吃下来的土地消化掉，所以不便在西域大规模用兵，最好的办法就是扶持吐鲁番对抗叶尔羌汗国。
内阁也赞同杨博等人的观点，高拱就认为，吐鲁番、叶尔羌本系同源，都是东察合台汗国的后裔，他们现在虽然改信回教，但是他们终究是北虏，一旦叶尔羌将吐鲁番征服了，到时候叶尔羌汗国宣称自己是察合台汗国唯一,合法的继承人，率西域之众东征，要求恢复当年察合台汗国的故土，对于大明来说那可就不妙了。
所以高拱等阁臣的建议就是扶持吐鲁番，同时派遣使臣前往西域，调停叶尔羌和吐鲁番的纷争，给大明争取时间。朱载坖决定支持高拱等人的主张，介入西域事务，重振大明声威。
责成三边总制方逢时负责办理此事，还有就是马芳等参战将领的赏赐问题，朱载坖认为马芳、李成梁率军收复哈密，功在社稷，要予以赏赐，马芳由伯升侯，李成梁封伯，此举遭到了文官们反对，他们认为朱载坖即位以来对于武将的赏赐已经是过于丰厚了，现在马芳、李成梁又要重赏，他们当然不愿意了。
但是这次朱载坖并没有听从文官乃至于内阁的建议，朱载坖直接以中旨的形式下令，将马芳由丰州伯晋升为萝川侯，因为马芳是山西蔚州人，而蔚州古称萝川，故而以封马芳，李成梁封沙州伯，以表彰他们在克复哈密中所建功勋。
内阁在无法阻止朱载坖给马芳、李成梁封爵之后，转而提出建议，马芳已经五十六岁了，作为武将，经年作战，对于身体自然是极为不好的，现在马芳已经功成名就了，为了爱惜人才，内阁请求在京师为马芳建造宅邸，将其调回京师，保全马芳，在五军都督府任职即可。
朱载坖收到内阁的奏疏之后，不禁哑然失笑
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