大计之后行使拾遗的权力，但是不准风闻言事，必须要确有证据才行，同时监察御史和给事中在大计完成之后可以查阅审核大计的各种材料，发现有问题的，可以直接向朱载坖陈奏。
而对于被大计黜退的官员，依照京察和外察的旧例，永不叙用，同时朱载坖命令吏部尚书杨博，对空缺的职务立即选拔官员补缺，不拘出身，不管是进士举人这样的科举正途出身，还是吏员考选而来的，只要符合条件，都可以选任。
而正在朱载坖与内阁推动大计，准备刷新吏治的时候，从陕西三边和蓟镇发来的塘报使得朱载坖不得不重视起来了，提督陕西三边军务、丰州伯马芳向朱载坖上奏，称套虏最近蠢蠢欲动，眼下陕西三边军储已足，请求朱载坖准允马芳先发制人，打击套虏。
而汪道昆和戚继光也联名向朱载坖陈奏，土蛮部和朵颜三卫再次袭扰蓟辽，请求朱载坖准允蓟辽两镇反击。
事关军国大事，朱载坖立即召集阁臣和兵部、户部堂官商量此事。