朱载坖还要求对于在大计中发现的各种贪墨、不法等事，要立即移送法司，从严惩处。
朱载坖还催促吏部和都察院，加紧制定有关大计的各种考核条例，加以执行。而从南京赶回京师的张居正，也入阁办事了。
朱载坖第一时间召见了高拱和张居正，两位辅臣行礼之后，朱载坖说道：“张师傅督师南京，劳苦功高，此番回京，还有借重于张师傅啊！”
张居正连忙辞谢，高拱说道：“陛下，臣和张阁老商量之后，有些事情还是想要和陛下说说。”
朱载坖请高拱直言，高拱希望朱载坖将张居正在东南的清丈田亩和赋役新政，在全国范围内推行。
对于清丈田亩，朱载坖自然是赞同的，但是对于张居正的赋役新法，朱载坖还心有疑虑。朱载坖说道：“清丈田亩，理应在大明推行，这赋役新法，实在是干系甚至，尤其是干系到百姓之生计，不可不慎啊。”
朱载坖对于赋役新法，最担心的事情就是其中大量的折色，因为大明现在的物价是很不稳定的，士绅们和地方豪强可以轻易的操弄物价，一旦大面积折色，会使得百姓们遭受第二次盘剥，这是朱载坖所不愿意看到的。
故而对于张居正的赋役新法，朱载坖一直都很慎重，朱载坖很清楚，朝廷固然是缺钱，但是对于朝廷来说，更加重要的是维护地方的稳定，一旦实行大规模的折色，富商豪强，在收获之时操弄物价，甚至和官府勾结，最终受苦的还是百姓。
朱载坖也向两位辅臣表达了自己的担忧，大规模的折色对于江南等地来说，还可以接受，毕竟江南经济发达，百姓相对富庶，还能够承受这些折色可能带来的实际赋税增加，而对于北方，尤其是西北省份，当地百姓本就贫穷，朝廷要是再一味折色的话，这些百姓恐怕很难承受的起。
而且一味折色，对于朝廷的应变能力也有极大的影响，一味的征收折色，会导致朝廷的各级仓储不足，应对天灾人祸和军粮的储备都会下降，这点是朱载坖最为担心的事情。
面对朱载坖的担心，张居正也给出了自己的解决办法，就是由朝廷在秋收的时候直接出钱从百姓手中收购粮食，稳定粮价，同时规定一个最低的粮价，避免出现谷贱伤农的情况。
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