除此之外就是草拟诏敕的人选问题，虽然说是由内阁负责草拟诏敕，但是实际上阁臣们机务繁忙，哪有功夫来负责这些诏敕的草拟，实际负责草拟这些诏敕的主要是翰林院，之前内阁和翰林院部分彼此，这么做自无不可。
但是现在朱载坖既然要把内阁从翰林院中独立出来，而且内阁作为处理机务的部门，肯定是要严加守备的，内阁不能够再像之前那样随意征调翰林院的人到内阁草拟诏敕了，这个问题也需要解决。
这个问题朱载坖认为还是好解决的，朱载坖说道：“朕闻前宋有翰林学士知制诰，亦可以从翰林院选拔词臣，入直内阁，仍加翰林学士知制诰，内阁上行走，专司诏敕之事。”
这些诏敕之事，本就不应该是内阁大学士的主业，应该由翰林学士负责，内阁大学士只是负责审核即可，但是由于内阁事涉机要，为了保密，所以从翰林院选择词臣，以翰林学士知制诰入直内阁。
解决了此事之后，就是献替可否，这就是内阁就国家事务的各方面向皇帝提供咨询，发表意见，也就是内阁的商机密，承顾问的职能，这是内阁从一开始就有的职能，阁臣们希望的就是能够加强密揭和密疏的保密性，内阁遇有不宜公开建言之事，便可书密揭进呈皇帝，但是内阁的密揭和密疏要严格保密，尤其是不能泄露给外廷科道。
对于这点朱载坖予以答应，内阁密揭和密疏都由司礼监太监直接收取传递，由皇帝本人亲自批答传阅，保证消息不外传。
确定了内阁执掌之后，就是内阁的属官以及下属衙门了，之前内阁是没有什么属官和下属衙门的，内阁所需要的人员，大多直接从翰林院还有其他衙门抽调，内阁之前也仅有两个真正的下属机构，就是制敕房和诰敕房。
制敕房负责制敕、诏旨、诰命、册表、宝文、玉牒、讲章、碑额及题奏揭帖等项，一应机密文书，及王府敕底簿。
诰敕房负责文官诰敕及翻译、敕旨、并四夷来文揭帖、兵部纪功勘合底簿等项。
现在仅仅依靠这些衙门，显然是不能维持内阁的正常运转的，朱载坖再和阁臣们商量之后，认为内阁应该增加中书科，负责管理中书舍人，这些中书舍人主要负责内阁的文书整理收发，协助阁臣
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