而巡抚作为地方官，负责协助转运、催督粮秣，守卫地方，是守土之臣。具体经办的则是有布政司下面的督粮参政，负责协助转运粮饷。
户部则负责将粮秣转运到三大防区指定的仓储地方就行了，这样一来九边有关于粮饷的权责就是明晰的了，出了什么问题，该向谁追究责任，都很清楚。
当然在中央也是如此，所有有关粮饷的支出都要由户部负责，太仓作为大明的国库，地位不能动摇，借此机会，朱载坖准备将原来太仆寺的银库和工部节慎库都并入户部太仓，这样就在中央财政实行了统一。
日后不论是地方州县向朝廷缴纳什么名目的银子，都是交到户部，朝廷的支出也是由太仓支出，避免了原来的各部院自收自支的情况。
到九边就更是如此了，兵部会同九边督抚、兵备、清军御史，统计九边士卒粮秣之后，由户部拨给，军功赏赐也是如此。
边墙的修建，也是有九边督抚会同提督、总兵拟定计划之后，兵部批准，工部核算开支，再由户部拨出银两，避免了原来户部到处挪借，各部之间扯皮的这种事情。