和王崇古谈完之后，朱载坖开始安排自己的事情了，仅仅听张居正、王崇古汇报是不够，朱载坖除了令厂卫收集有关新政的得失情况之外，还下令东南各州县官员都可以就新政得失向朱载坖直接上疏，朱载坖不以言罪人。
除此之外，朱载坖还将自己随驾的几位翰林官都派出去巡视地方，收集相关的情况，王锡爵去浙江，许国去苏松常镇，申时行去凤阳淮安等府，以钦差的名义，查看地方民情和州县官员理政得失。
朱载坖自己也很清楚，新政不可能是尽善尽美的，肯定是有各种缺陷，朱载坖要做的就是尽可能的收集各方面的意见，减少新政的弊端。
除此之外，朱载坖就是要帮张居正解决南京勋臣这个问题。朱载坖召集魏国公、恭顺侯等人来，一来是询问南京守备的情况，二就是要求这些勋臣们配合新政，尤其是配合张居正清丈田亩。
朱载坖首先就是向现任南京守备恭顺侯吴继爵询问南京京营的情况，吴继爵作为长期出镇地方的勋臣武将，对于南京京营，吴继爵是一脸无奈，和京师京营一样，只不过南京京营的问题更加严重，士卒逃亡，勋臣军官役使军士，军器甲胄丢失，京营操练不勤，而且留在京营的士卒多是老弱，根本不堪上阵。
吴继爵作为当过辽东总兵，见识过蓟辽河宣大精锐的人，对于南京京营，吴继爵实在是看不上，直接向朱载坖坦陈南京京营根本不能上阵，除了徒耗粮饷之外，别无他用。
吴继爵的指责已经是非常之重了，其实朱载坖也很清楚为什么吴继爵要痛陈南京京营的各种不堪来，主要是要让魏国公徐鹏举这个草包下不来台，毕竟吴继爵才刚刚上任，这些事情肯定是由徐鹏举这个长期担任南京守备的草包来承担了。
谁叫你徐鹏举公开说吴继爵是降虏之后的，吴继爵当然要还以颜色了，朱载坖当即发作道：“南京乃大明之留都，太祖陵寝之所在，防守宜严，昔年数十倭寇，震动南京，当年旧事若在再重演，尔等之钟鸣鼎食，自此绝矣！”
朱载坖天子一怒，吓得南京勋臣们赶紧跪下请罪，尤其是徐鹏举，他很清楚，吴继爵说的桩桩件件都和自己有关，一旦朱载坖震怒之下严查，自己肯定是讨不了好果子吃的
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