朱载坖现下最需要的船只，组建一支由万石以上沙船构成的漕船队，运送漕粮比通过漕运不要高效多了。同时海船还可以直接将粮食运抵辽东，接济辽东的官军，对于以后朱载坖经略辽东大有裨益。
朱载坖现在有五十万两巨款，恨不能全砸到水师上去。但是朱载坖知道，造船可不是一件简单的事情，需要大批熟练的工匠。
原本大明的南京有龙江船厂等一系列的官营船厂，负责为官军打造战船，还有漕运所用的漕船，操江水师的战船，郑和远洋的宝船，都是由南京龙江船厂等船厂制造的。
当时的船厂内不仅有工匠生活区、存放材料的仓库和专存宝物的宝库，而且还专门设置有官府衙门、集市，在作塘的周边还设立了铁、木、细木、蓬、索、缆、油漆等大小作坊，船厂建筑规模达到千余间，现场官员、匠丁、后勤杂役等达2万余人。
南京的诸多船厂是由兵部、工部两部门统管，现在已经不再具备生产宝船的能力，和大明的其他官营作坊一样，工匠逃亡，官吏贪污成风，所造船只都是滥竽充数，甚至连朝廷规定的数目都难以造出。
如南京新江口水师，工部条例凡新江口战船，原额一百七十八，划船三十七只，三板船三十只，巡船九十只，摆搭浮船五只。正德九年奏添哨船一百只，造完九十七只，除正德十五年行取四十只赴京，现在五十七只，通共三百九十七只，该五季一修，十年一造。
实际上新江口水师战船，不足二百，大明船政的废弛可见一斑。
和朝廷的官营船厂废弛殆尽不同，民间的船厂现在确实欣欣向荣。广东、福建等处制造的民间商船，其规模比战船大，制造亦远为精良。
连俞大猷也不得不承认，朝廷的造船厂，制造战船的承委人员，每多染指，铺行办料，通同匠人作弊。于是因陋就简，狭其制，稀薄其料，徒具一船。所役使的工匠，因劳役、生活条件恶劣而往往消极怠工，敷衍差事。所造之船，质量自当低劣。
而民间私造之船，乃系船主、商人之身家性命。对船的坚固、性能、以及船体设备如何提高效益，等等，格外注重。既舍得花费成本，又往往亲自督工制造。民间的船只往往比官船更加优良。
尤其是海商首领王直在广东
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