李廷机这次是被当成了典型来惩办的，锦衣亲军向朝廷详细奏报了李廷机树碑建祠的相关情况，确实是有很多地方官员为了讨好这些南吏部的天官而为他树碑建祠，但是锦衣亲军的调查报告也说明了，李廷机本人确实没有什么贪污受贿的行为，甚至是很多官场的陋规，李廷机也没有接受，为官还算清廉，在负责的考察事务上，也算是比较公正的。
都察院的钦差将李廷机以及为李廷机树碑建祠的这些官员都拘提到都察院，经过详细审断之后，都察院也向朝廷奏报了审理的结果，李廷机确实没有在其中有贪墨的行为的，同时这些树碑建祠的事情，也确实不是李廷机所直接授意修建的。
这些碑刻、生祠等建筑，主要是地方官员们为了讨好李廷机所建立的，李廷机在事前确实是不知情的，这点有口供和锦衣亲军的相关奏报作为依据，但是都察院在详细讯问之后，也得到了一些对于李廷机极为不利的事情。
首先就是李廷机是知道地方上的这些树碑建祠活动的，但是李廷机并没有加以制止，这点对于李廷机来说是极为不利的。
其次就是虽然李廷机自己不承认给予这些为他树碑建祠官员在考察上的好处，但是这些官员们是明确承认自己为李廷机树碑建祠的目的就是为了在考察中获取好处，并且顺带都察院还查出了其中有贪墨行为和动支国帑为李廷机树碑建祠的行为，这些对于李廷机来说是极为不利的。
除此之外就是资金的来源，这些也是极为重要的事情，除了一部分胆大包天的官员敢于动支地方留存钱粮之外，大部分的官员都是通过向当地的豪商富户摊派所筹集的钱粮，所以据此，都察院认为此案已经查明，涉案的李廷机等一系列官员，以及相关的富户，都构成为大臣上言德政罪，请求吏部注销其官籍，移送大理院审断。
都察院的奏疏被朱载坖先下内阁商量，王锡爵召集法司官员们于内阁，与辅臣们一道商量此事，对于都察院的这个意见，内阁首先是询问法司和吏部的意见，都察院显然是认为李廷机等涉案的官员触犯大明律，应当注销官籍，移送大理院审断。
吏部尚书赵志皋认为，地方这些官员确实是触犯了大明律有关奸党的相关规定，应该予以严惩
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