朱载坖略一思考之后，命令严绍庭将这些事情再详细查明之后上奏。
而在朝廷上下，针对朋党的打击也在首辅王锡爵的领导之下开展了，其实大明官员都是很清楚朋党最大的来源是哪里，就是学校，只不过之前朝廷以兴学作为主要的政策，除了严厉禁止私自讲学之外，对于其他的事情管理相对比较松懈。
但是这次朝廷对于学校肯定是严厉加以管理的了，王锡爵指令学部，制定规矩，禁止生员妄议朝政，按照学部所制定的规则：“往来相引，议论他人长短，因而交结为非；在校生员，或千数之广，或七八百人以为中，或百人以为下，体知有等无志之徒，往往不行求师问道，专务结党恃顽，故言饭食污恶。是后如有此生事者，具实奏闻，令法司枷镣禁锢，终身在学役使，以供生徒。”
内阁和部院主要是打击两个方面的问题，一是防止有些学生借言事而谋求科举之外的进用之路，打乱正常的仕进规则；二是士大夫学生聚集一起，具有很大的政治影响力，若不加以限制，势必会对官僚系统带来强大压力，进而影响朝政。
学部左侍郎吕坤也上疏称：“学校诸生非吏也，所习不尽刑名比详。虽习之，犹未从政，辍业不修，以干当途之善败，则士侵官而吏失守。士所欲恶，不尽当官成，又不与齐民同志。上不关督责之吏，下不徧同列之民，独令诸生横与政事，恃夸者之私见，以议废置，此朋党所以长，宜重法绳之。”
朱载坖当即予以御批：“着该部与法司详议，订立条款，使生徒知朕非不教而诛也。”
而大学士王家屏也上疏，他认为现在的重点就是要止争，现在朝廷上下争辩不断，正如宋之故事，这种不断的争辩最终必然会演变为朋党。
所以王家屏在奏疏中说道：“大臣不能持之于上，乃以委之于群工，于是而争者竞起矣。其所争者正也，乃以正而争者成乎风尚，而以争为正。越职弗问矣，雷同弗问矣。以能言为长，以贬削为荣，以罢闲为乐，任意以尽言，而惟恐不给。乃揆其所言，非能弗相刺谬也；非能弗相剿袭也；非能无已甚之辞，未然而斥其然也；非能无蔓延之语，不然而强谓然也。挢举及于纤微之过，讦谪及于风影之传，以激天子之厌恶，以
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